GATK配置问题的解决

GATK是我们重测序流程中经常使用到的软件,他的下载比较简单,但是今天在配置的时候出现了一点小问题 下载 wget https://github.com/broadinstitute/gatk/archive/refs/tags/4.6.2.0.tar.gzta...

GATK是我们重测序流程中经常使用到的软件,他的下载比较简单,但是今天在配置的时候出现了一点小问题

下载

wget https://github.com/broadinstitute/gatk/archive/refs/tags/4.6.2.0.tar.gz
tar zxvf gatk-4.6.2.0.tar.gz
cd gatk-4.6.2.0

配置

./gradlew bundle

问题

attachments-2025-04-i9KHYYsE68089323b9aed.png

解决

对gatk-4.6.2.0/gradle/wrapper下面的gradle-wrapper.properties这个文件进行更改,主要是更改这个文件的distributionUrl=一行,后面换成国内的镜像就可以了,我是用了阿里云的

distributionUrl=https\://mirrors.aliyun.com/gradle/distributions/v8.10.2/gradle-8.10.2-bin.zip

attachments-2025-04-n69CD8vV680892db86e1d.png


0 条评论

请先 登录 后评论
Ti Amo
Ti Amo

57 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 717 文章
  2. 安生水 357 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. xun 86 文章
  6. rzx 81 文章
  7. 红橙子 79 文章
  8. CORNERSTONE 72 文章