之前在做dcaps标记，开始只找到网站版的软件，后来发现一个不错的脚本软件——SNP_Primer_Pipeline

脚本代码：https://github.com/pinbo/SNP_Primer_Pipeline

利用其中的 getCAPS-with-user-input.py 可以同时做caps和dcaps标记引物设计，用法如下：

python getCAPS-with-user-input.py -i input.fa -t chr5D:9950377_Ref -p 301 -r A -a C -m 1000

其中 -i:输入序列；-t: 目标序列；-p: SNP位置；-r: ref；-a: alt；-m: 价格上限。

输入文件：

>chr5D:9950377_Ref
TATCCATGCACATTAACATAGAAAAATTAAGTATAGAGGGTTGTCATGTATATACCGGAAAGAAGCTCCTCAAGGGTTCCACCCTGCATGTATTCCAAACATAGAGCTATTTCTTGCTCGTCAGCAACAACAAATCTCCCTTGGTACTCAACAACTTTATCTCGTATTTCATAGCAGTAGCCAACCAATCTTATGATATTTTGATGTTGGGCCCTCATAAGATTCAGAAGCTCATTCTTAAAACCAGCTTCGACTAGTCCGGGCTGGTTGTACAGTTTCTTCACGGCAATCACTTCCCCGTTATCAAGTACTCCCTGTTCAAAATCCCATGTTTAAAAGTAATAATGCAAGGGTTCAGGTAGCTAGTGTAGTGGTGGCATCTGTTTAAAAGTATTATTTTTTTCGTAAAATGCGCTTAATTTTCCTCCCAGCAACCTTTCCACCAACTGATGCACATATAACTTTGCGGTTGTAAAGTAGAAGATACAAGTAAATAATCATACTTCACACAAAAGCCTTAGAAACTACTCCCTATCCACCACAAACAATTATACGCTGCTTACAAAAATTAACGGGAGAGGAAATTACTGCCTTGGTGCTG

输出结果：

index   product_size    type    start   end     diff_number     3'differall     length  Tm      GCcontent       any 3'       end_stability   hairpin primer_seq      ReverseComplement       penalty compl_any       compl_end       PrimerID     matched_chromosomes
SNP-dCAPS-Hpy166II,68-gtnnac-303-0      193     LEFT    135     156     0       YES     22      58.685  45.455  0.0 0.0      3.16    0.0     tctcccttggtactcaacaact  agttgttgagtaccaagggaga  8.849723        4.48    2.64    L1
SNP-dCAPS-Hpy166II,68-gtnnac-303-0      193     RIGHT   327     303     0       YES     25      59.465  40.0    10.4910.49   2.83    0.0     ggattttgaacagggagtacttgTt       aAcaagtactccctgttcaaaatcc       8.849723        4.48    2.64R1
SNP-dCAPS-BsrBI,66-ccgctc-302-0 192     LEFT    135     156     0       YES     22      58.685  45.455  0.0     0.0 3.16     0.0     tctcccttggtactcaacaact  agttgttgagtaccaagggaga  9.545904        4.48    10.00   L1
SNP-dCAPS-BsrBI,66-ccgctc-302-0 192     RIGHT   326     302     0       YES     25      58.769  40.0    0.0     0.0 3.27     0.0     gattttgaacagggagtacttgaGa       tCtcaagtactccctgttcaaaatc       9.545904        4.48    10.00   R6
SNP-dCAPS-BsrI,63-ccagt-300-0   161     LEFT    281     300     0       YES     20      60.322  55.0    0.0     0.0 4.45     0.0     tcacggcaatcacttcccAg    cTgggaagtgattgccgtga    0.433976        13.96   13.96   L3
SNP-dCAPS-BsrI,63-ccagt-300-0   161     RIGHT   441     422     0       YES     20      59.888  55.0    0.0     0.0 3.36     0.0     ggaaaggttgctgggaggaa    ttcctcccagcaacctttcc    0.433976        13.96   13.96   R2
SNP-dCAPS-HpyCH4IV,132-acgt-299-0       163     LEFT    279     299     0       YES     21      59.802  52.381  0.0 0.0      4.02    0.0     cttcacggcaatcacttccAc   gTggaagtgattgccgtgaag   1.310133        17.97   12.50   L9
SNP-dCAPS-HpyCH4IV,132-acgt-299-0       163     RIGHT   441     422     0       YES     20      59.888  55.0    0.0 0.0      3.36    0.0     ggaaaggttgctgggaggaa    ttcctcccagcaacctttcc    1.310133        17.97   12.50   R2
SNP-dCAPS-Fnu4HI,330-gcngc-298-0        163     LEFT    279     298     0       YES     20      60.179  55.0    0.0 0.0      4.7     0.0     cttcacggcaatcacttcGc    gCgaagtgattgccgtgaag    0.291627        6.81    4.00    L8
SNP-dCAPS-Fnu4HI,330-gcngc-298-0        163     RIGHT   441     422     0       YES     20      59.888  55.0    0.0 0.0      3.36    0.0     ggaaaggttgctgggaggaa    ttcctcccagcaacctttcc    0.291627        6.81    4.00    R2

Sites that can differ all for SNP

CAPS cut information for snp SNP
Enzyme  Enzyme_seq      Change_pos      Other_cut_pos
Cac8I,710       gcnngc  295
BseYI,660       cccagc  298     427
HhaI,HinP1I,29  gcgc    297     412
PsiI,560        ttataa  304
HpaI,122        gttaac  303
CviKI-1,272     rgcy    298     361, 229, 262, 514, 105, 210, 179, 246, 64
Hpy166II,68     gtnnac  303