在刚开始按官网教程(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279680/)学习使用blast时,经常会遇到程序报错,例如:
直接复制粘贴官网的代码并执行:
makeblastdb –in mydb.fsa –dbtype nucl –parse_seqids
总会有如下错误提示:
USAGE
makeblastdb [-h] [-help] [-in input_file] [-input_type type]
-dbtype molecule_type [-title database_title] [-parse_seqids]
[-hash_index] [-mask_data mask_data_files] [-mask_id mask_algo_ids]
[-mask_desc mask_algo_descriptions] [-gi_mask]
[-gi_mask_name gi_based_mask_names] [-out database_name]
[-max_file_sz number_of_bytes] [-logfile File_Name] [-taxid TaxID]
[-taxid_map TaxIDMapFile] [-version]
DESCRIPTION
Application to create BLAST databases, version 2.4.0+
Use '-help' to print detailed descriptions of command line arguments
========================================================================
Error: Too many positional arguments (1), the offending value: –in
Error: (CArgException::eSynopsis) Too many positional arguments (1), the offending value: –in
因此不能直接粘贴官网的命令,需要手动修改命令的参数名称前面的小横杠哦~
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