MCScanX 在biolinux上安装及使用

MCScan安装与共线性分析练习

内容已经更新，可观看《基因家族分析实操课程》MCScanX分析使用；

一、软件安装

1.安装软件下载地址主页：MCScanX

MCScanX源码地址，把这个文件下载下来：http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/MCScanX.zip

下面的代码，可在我们的biolinux系统上直接执行，创建目录及下载：

cd /biosoft

sudo wget http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/MCScanX.zip

如果下载比较慢，可通过虚拟机共享目录传递过去；

2，下载完成之后，就可以解压安装了：

unzip MCScanX.zip
cd MCScanX
make

因为/biosoft 为root的目录，所以遇到权限问题时在命令前面加sudo 之后再运行就没问题了；

如果安装过程中报错，可参照：https://www.omicsclass.com/article/104

二、基因家族复制加倍分析（练习）

官方网站上提供测试代码，还有测试数据，存放在MCScanX安装目录的data目录当中，非常适合初学者练习：

data目录数据：

1.先来运行一下共线性分析（物种内，拟南芥为例第一个例子）

使用拟南芥的测试数据at开头的文件，用了data目录下的两个文件，at.gff 和at.blast 分别为基因的位置信息和blast比对结果：

官方例子：http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/examples/example1.php

sudo ./MCScanX data/at

运行完成之后生成文件如下：

其中at.collinearity 为共线性结果，at.tandem为串联重复基因结果，这两个文件最重要；

2.结合基因家族分析基因加倍与复制

上面做完全基因组共线性分析后，可根据自己的基因家族信息，绘制基因家族圈图：

官方例子：http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/examples/example12.php

代码如下

http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/examples/family.ctl
wget http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/examples/MADS_box_family.txt
sudo java family_circle_plotter -g ../data/at.gff -s ../data/at.collinearity -c family.ctl -f ../data/MADS_box_family.txt -o MADS.circle.PNG

灰色背景为拟南芥全基因组的共线性结果，红色为基因家族的共线性结果；

4.再来运行物种间的共线性分析（第二个例子，Rice (os) and sorghum (sb)共线性分析）

官方例子地址：http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/examples/example7.php

sudo ./MCScanX data/os_sb

运行结果文件：os_sb.collinearity ， os_sb.tandem

结果可视化：

首先，切换到downstream_analyses目录下，然后下载四个绘图控制文件，*ctl，之后就可以利用结果文件绘图了，代码如下：

http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/examples/dot.ctl
http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/examples/dual_synteny.ctl
http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/examples/circle.ctl
http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/examples/bar.ctl
java dot_plotter -g ../data/os_sb.gff -s ../data/os_sb.collinearity -c dot.ctl -o dot.PNG
java dual_synteny_plotter -g ../data/os_sb.gff -s ../data/os_sb.collinearity -c dual_synteny.ctl -o dual_synteny.PNG
java circle_plotter -g ../data/os_sb.gff -s ../data/os_sb.collinearity -c circle.ctl -o circle.PNG
java bar_plotter -g ../data/os_sb.gff -s ../data/os_sb.collinearity -c bar.ctl -o bar.PNG

结果图展示：

当然网站上还有其他示例代码和数据（Examples中），大家可以自行操作练习。

还是不会，可观看《基因家族分析实操课程》，里面有MCScanX的详细使用和操作说明；