GOrilla-一个在线GO富集分析的网站
给大家推荐一个进行在线GO富集分析的网站 GOrilla: http://cbl-gorilla.cs.technion.ac.il/ 可以针对几种比较常见的动植物进行GO富集分析。
1、第一步是选定物种，下拉列表中的物种涉及了以下几种：
- Arabidopsis thaliana 拟南芥
- Saccharomyces cerevisiae 酿酒酵母
- Caenorhabditis elegans 秀丽隐杆线虫
- Drosophila melanogaster 黑腹果蝇
- Danio rerio (Zebrafish) 斑马鱼
- Homo sapiens 人类
- Mus musculus 小鼠
- Rattus norvegicus 大鼠
2、第二步是选择提交单列基因还是提交两列基因：
单列基因，也就是要要进行富集分析的目标基因集，两列基因指的是除目的基因集外，还要提供背景基因集，基于第二步选择的不同，第三列需要提交的文件会有差异，前者对应一个提交框，后者对应两个提交框。
3、提交基因集：
在对应的提交框中粘贴上基因，要求格式：以Gene Symbol表示，两两之间Enter分隔，此外还可以接受gene and protein RefSeq, Uniprot, Unigene and Ensembl等表示方式。注意：可以通过提交文件非方式进行，文件格式的要求一致。如果提交背景基因集，按照相同方式处理。
4、选择富集分析的类型，主要包括了GO的三大分类，以及同时进行三项分析（选择all）
此外还有一些参数的设置和调整，确认后，点击：Search Enriched GO terms即可完成分析。
以部分数据为例，选择人类、单列基因、提交Gene symbol 选择all 并按照默认的设置开始分析，可以获得如下结果：（以Process为例）：
计算的结果在网页中会有具体的解释，根据解释理解即可
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- 发表于 2018-07-11 10:38
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- 分类：软件工具
