转录组数据分析基因的差异表达，找到差异表达基因之后，一般都需要看看一看基因的功能。比较常见方法就是查看基因的GO，KEGG注释和富集情况。
我在《转录组数据分析》课程中推荐大家采用clusterProfiler。这个软件目前能支持20种模式物种的注释，但其实不止这些，软件的作者也给出了，针对非模式物种的一些解决方案。 参考这个方案，我们看看目前能支持哪些非模式物种
1. 从AnnotationHub搜索物种的拉丁文名称，即可查看是否存在物种的注释信息，以水稻为例, ：
require(AnnotationHub)
hub <- AnnotationHub()
query(hub, "Oryza_sativa")
AnnotationHub with 2 records
# snapshotDate(): 2017-10-27
# $dataprovider: Inparanoid8, ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/
# $species: Oryza sativa, Oryza sativa_Japonica_Group
# $rdataclass: Inparanoid8Db, OrgDb
# additional mcols(): taxonomyid, genome, description, coordinate_1_based, maintainer,
# rdatadateadded, preparerclass, tags, rdatapath, sourceurl, sourcetype
# retrieve records with, e.g., 'object[["AH10561"]]'
title
AH10561 | hom.Oryza_sativa.inp8.sqlite
AH59059 | org.Oryza_sativa_Japonica_Group.eg.sqlite
需要注意的是，选择的数据库需要跟我们分析时采用的基因组版本相对应，否则可能存在基因ID 编号不一致，无法进行注释和富集。
2. AnnotationHub 中常见物种的注释情况
水稻 Oryza_sativa
高粱 Sorghum_bicolor
玉米 Zea_mays
大豆 Glycine_max
油菜 Brassica_napus
苜蓿 Medicago
由于支持的物种还是比较多，有1200多个，不方便列举，可以下载详细的物种列表进行查看。
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