MUSCLE(Multiple Protein Sequence Alignment)是一款蛋白质水平多序列比对的软件，在速度和精度上都优于 ClustalW。在进行多序列比对的时候，大多数情况下可以优先使用 MUSCLE。
MUSCLE(Multiple Protein Sequence Alignment)是一款蛋白质水平多序列比对的软件，在速度和精度上都优于 ClustalW。在进行多序列比对的时候，大多数情况下可以优先使用 MUSCLE。有本地版和在线版，在线版网址如下：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/。
使用方法：
MUSCLE 使用起来十分方便，大多数情况下用户只需要指定输入输出文件即可:
muscle -in seqs.fa -out out.fa
其中输入输出文件格式：
>a
ATGAGGTAGAGATAGCCGG
>b
ATGGTTAGCCGG
>a
ATGAGGTAGAGATAGCCGG
>b
ATG———-GTTAGCCGG
FASTA format为输出文件的默认格式，还可输出其他格式，例如CLUSTALW format
muscle -in seqs.fa -clwout seqs.aln
生物信息中的应用
目前muscle 主要用来在基因组进化部分，因为构建进化树和计算选择压力，都需要将序列对齐，muscle小而快，毋庸置疑是最好的选择。
