R进行超几何分布计算
超几何分布的R实现
超几何分布是统计学中的一种离散分布，它描述了由有限个物件中抽出n个物件，成功抽出指定种类的物件的个数。 也是生物信息学中常用的一种统计分布模型。我们在GO，KEGG的富集分析时就采用的是这个模型。 其数学表达式如下：
其中：
N： 总样本数
m： 总样本中“特定类别”的数量
n: 从总样本中随机抽取的数量
k: 抽取样本中属于“特定类别”的数量
但是我们做统计模型时，统计不是分布概率，而是累积概率，所以计算的p_value 值计算公式为：
对应的R代码实现为：
1-phyper(k-1,m, N-m, n,)
- 发表于 2018-07-27 09:55
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