JASPAR网站预测启动区域有那些转录因子结合位点

JASPAR网站预测启动区域有那些转录因子结合位点

JASPAR是一个收录转录因子结合位点的网站,网站除了收集结合位点,还可以:

1. 预测蛋白是不是转录因子,查找转录因子的结合位点特征

2. 预测一段序列(启动子区)中有那些转录结合位点

其中预测启动子区的结合位点可以采用网站提供是“Scan” 实现。具体如下:

attachments-2018-07-4HAl6KhB5b5a7ee1e8d67.jpg

1. 首先搜索转录因子结合位点,比如搜索人类的所有转录因子结合位点

2.  选择要搜索的转录因子结合位点特征

3. 输入启动子区的序列,点击“Scan” 运行

结果如下:

attachments-2018-07-EMb57JQF5b5a7fa0b391e.jpg




如果您对TCGA数据挖掘感兴趣,请学习我的TCGA系列课程:


  • 发表于 2018-07-27 10:14
  • 阅读 ( 19843 )
  • 分类:转录组

0 条评论

请先 登录 后评论
microRNA
microRNA

115 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 698 文章
  2. 安生水 347 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. xun 82 文章
  6. 红橙子 78 文章
  7. rzx 74 文章
  8. CORNERSTONE 72 文章