TCGA数据分析ceRNA的套路
ceRNA( Competing endogenous RNA) 是真核生物体内存在一种多个RNA分子竞争性的与miRNA结合，从而形成的一种相互调节机制。 今天给大家介绍一篇ceRNA研究套路的文章《comprehensive analysis of a long noncoding rna-associated competing endogenous rna network in colorectal cancer》。
1. 研究思路
研究思路详述：
1.1. 从TCGA公开的数据中下载结直肠癌相关的数据，包括lncRNA, miRNA, 编码蛋白的gene的表达数据，和对应病人的临床数据
1.2. 分别就lncRNA, gene, miRNA 比较癌症和癌旁组织中的表达差异
1.3. 分别对差异的miRNA靶向lncRNA, miRNA靶向gene 进行预测
1.4. 结合miRNA靶向lncRNA, gene 构建ceRNA调控网络
1.5. ceRNA 网络中的基因，lncRNA 进行表达量的相关性分析
1.6. ceRNA网络中miRNA, Gene, lncRNA 进行生存分析
1.7. ceRNA 网络中的基因进行GO,KEGG功能富集分析
2. 研究结果
2.1 差异表达分析
2.1.1 基因差异表达分析聚类图
2.1.2 lncRNA差异表达分析聚类图
2.1.3 miRNA差异表达分析聚类图
2.2 miRNA 靶位点预测
2.2.1 miRNA 靶向基因的预测
2.2.2 miRNA 靶向lncRNA的预测
2.3 ceRNA网络的构建
基于miRNA 调控lncRNA和Gene，构建ceRNA调控网络
2.4 基因，lncRNA相关性分析
针对ceRNA网络中的基因，lncRNA分析表达相关性
2.5 生存分析
ceRNA网络中的miRNA, Gene, lncRNA分别进行生存分析
2.6 功能富集分析
2.6.1 针对基因进行GO的功能注释和富集分析
2.6.2 针对ceRNA网络的基因进行KEGG注释和富集分析
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- 发表于 2018-07-27 14:51
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- 分类：TCGA
