教你在线绘制circos图-简单！
相信大家都听说过circos图，但是亲自画过的人可能就很少，这主要因为软件的安装和使用稍微有一点麻烦。其实，circos图也是可以在线绘制的，这样就简单多了！一起来了解一下吧！
在circos官网（http://circos.ca/）的最右方有个“CIRCOS ONLINE”选项，这里可以实现在线绘制部分circos图。
打开后界面如下：
以微生物多样性分析中样品与物种丰度circos图绘制为例，给大家讲解circos图的绘制功能。该图能够很直观的反映各样品中不同物种所占的比例，以及物种在不同分组或者样品中的分布关系。
绘制circos图
1.数据准备
首先我们要做的就是准备画图所用到的数据，所用数据为物种在各样品中的相对丰度，这里只选用丰度大于0.01的物种用于绘图，数据如下（列名A、B、C为样品，行名Acetobacteraceae等是科一水平的物种分类）：
OTU A B C
Acetobacteraceae 0.506365321669611 0.596887241236994 0.457528142134733
Arcobacteraceae 0.000329490484604467 0.017913387252098 0.000426249200782749
Bacteroidaceae 0.0175209280769342 0.0455871811395347 0.352221339584988
Dysgonomonadaceae 0.00184297424905136 0.0256500300487296 0.0330226880824598
Lachnospiraceae 0.00569185760217826 0.0139020628633905 0.0173870923992018
Lactobacillaceae 0.17495220577586 0.237946115025089 0.0588340146862225
Pseudomonadaceae 0.0021326362135388 0.0286295607092948 0.0127991010016856
Ruminococcaceae 0.00312472844190829 0.00506121976120311 0.0274388235522058
Sphingomonadaceae 0.257860701561278 0.00711394623087561 0.00898610815104722
由于网站要求的数据格式为非负整数，故将所有的数据乘1000（系统会自动截掉小数点后的数据），输入数据则变为：
OTU A B C
Acetobacteraceae 506.365321669611 596.887241236994 457.528142134733
Arcobacteraceae 0.329490484604467 17.913387252098 0.426249200782749
Bacteroidaceae 17.5209280769342 45.5871811395347 352.221339584988
Dysgonomonadaceae 1.84297424905136 25.6500300487296 33.0226880824598
Lachnospiraceae 5.69185760217826 13.9020628633905 17.3870923992018
Lactobacillaceae 174.95220577586 237.946115025089 58.8340146862225
Pseudomonadaceae 2.1326362135388 28.6295607092948 12.7991010016856
Ruminococcaceae 3.12472844190829 5.06121976120311 27.4388235522058
Sphingomonadaceae 257.860701561278 7.11394623087561 8.98610815104722
2.绘图
数据准备好就可以来绘制circos图了，只需要导入数据就可以。
生成的图片如下：
可以看到，图中的物种和样品完全是按照字母顺序排列的，我们希望物种和样品分别位列两边，这里可以人为的对其指定顺序。方法也很简单，就是在数据的第一行和第一列用数字来指定顺序。如下：
OTU OTU 1 2 3
OTU OTU A B C
12 Acetobacteraceae 506.365321669611 596.887241236994 457.528142134733
10 Bacteroidaceae 17.5209280769342 45.5871811395347 352.221339584988
8 Dysgonomonadaceae 1.84297424905136 25.6500300487296 33.0226880824598
6 Lachnospiraceae 5.69185760217826 13.9020628633905 17.3870923992018
11 Lactobacillaceae 174.95220577586 237.946115025089 58.8340146862225
7 Pseudomonadaceae 2.1326362135388 28.6295607092948 12.7991010016856
5 Ruminococcaceae 3.12472844190829 5.06121976120311 27.4388235522058
9 Sphingomonadaceae 257.860701561278 7.11394623087561 8.98610815104722
4 Arcobacteraceae 0.329490484604467 17.913387252098 0.426249200782749
第一行指定了样品的顺序，而第一列按丰度指定物种的顺序。生成图片时要勾选下图红框中的选项（排序所用），不然会报错哦！
新图如下：
图中由于部分物种丰度较低，导致物种名重叠，解决这个问题可以改变文字的布局。这时就需要进行设置了。
3.图片设置
点击"settings"进入设置界面，会有很多的设置选项，可以对图片进行细调。
这里只需要修改两个地方即可，将下图第一个红框改为“no”，可以调整文字为垂直布局，避免重叠；但是如果物种名太长，又可能会超出图片范围，所以要缩小圆圈的半径，即将第二个红框改为small。
修改并保存设置后，重新生成图片：
好了，今天小编就先给大家介绍到这里，希望对您的科研能有所帮助！祝您工作生活顺心快乐！
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- 发表于 2018-08-09 17:15
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- 分类：软件工具
