Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 数据合并

Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 数据合并

三代转录组测序数据,如果要进行多个数据合并(比如加测一次),以合并*subreads.bam为例,
1.   需要采用SMRT中的pbmerge, 不能采用samtools 的merge 。

2.  需要采用pbindex 对bam 文件进行index, 也不能采用samtools index  构建index 

构建的index 文件(pbi后缀)非常的重要,因为后面的分析中,有些步骤虽然采用的是subreads.bam 文件,但是如果没有index 的pbi 文件,命令执行就会失败,而且没有提示(大坑)。

  • 发表于 2018-08-22 10:55
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  • 分类:转录组

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