Mapchart绘制基因染色体位置图

Mapchart是Windows系统下，进行基因在染色体上定位图片绘制的工具，主要是针对遗传连锁图和QTL。区别于遗传图谱中遗传距离，我们这里直接可以得到基因在染色体上的物理位置信息，也可以利用Mapchart画图。

最近，MapGene2Chrom web v2（http://mg2c.iask.in/mg2c_v2.0/）偶有“歇菜”，让我们想简单的画画基因的染色体位置图都不方便。在这里，小编给大家介绍一个比较早的软件Mapchart，来帮助我们解决这一烦恼。

软件Mapchart

下载地址：

https://www.wur.nl/en/Research-Results/Research-Institutes/plant-research/Biometris-1/Software-Service/Download-MapChart.htm

目前最新版本的Mapchart 2.32，内置6个mct格式案例数据。

下载时需进行注册，提交邮箱信息方便license file文件下载，并将下载的MapChart.lic添加到安装路径，以免影响软件使用。

准备数据

整理染色体的名称、长度信息，以及染色体上需要标注的基因的位置信息，只需要填写基因的起始位置即可，例如：

注意：

1、每一条染色体都是以“chrom”开始表示（以“group”表示linkage group，注意区别），各成分之间以空格分开即可（不拘多少个空格，但是为了数据显示美观，最好保持一致），每一个chrom下的基因都是属于该对应的染色体上的基因；

2、基因之间有先后顺序，严格按照在染色体上的先后顺序排列；

3、各行之间可以有空行，如需注释掉某行内容，行首输入半角下的“;”，此行内容将不会在图片中显示；

4、如需添加第二条染色体数据，可以直接在数据后面添加，格式同上。

基础绘图

软件在正常安装完成后，打开显示的界面如下图：

开始绘图，点击File->New（下图A），打开对应的绘图操作界面（下图B），在弹出的操作界面中包括了两个页面，其一是Data，其二为Chart。Data是进行数据填写、调整修改的窗口、而Chart根据Data直接显示图片。

譬如，将前面准备的数据直接复制粘贴到Data中（下图A），或者通过File-->open导入前面准备的文件（建议文本格式txt文件），点击Chart，可以在此页面查看到最原始的图片（下图B）。注意，如绘制染色体较多，Chart页面中的图片可能会有多页。

细节调整

在Data页面中，可以在每行基因信息的后方添加设置，包括字体类型、文字大小、颜色。譬如下图A中在基因A 后添加的信息：

1、 BIU，控制字体类型，B表示加粗，I表示斜体，U表示下划线，这些可以任意组合；

2、 S30，S控制大小，30对应30pt

3、 C3，C对应颜色，C3具体是绿色。

此外，还可以对整条染色体区域颜色进行填充，譬如在该chrom下填写“segments”， (另起一行)起始位置+颜色控制。各成分之间同样是以空格分开(上图A)，之后可以在Chart中查看到染色体图片细节的变化（上图B)。

同时，通过Tools->chart options等，设置图片其他的一些属性，包括整个图片背景、图片titile、位置等调整。

在完成图片的设置之后，可以通过Chart ->print，选中Adobe PDF（需提前安装此虚拟打印机），选择需要打印的page从而将文件保存成pdf。或者直接Char->copy page，进入Ai粘贴即可。

其他

Mapchart的设置涉及的细节处理较多，这些具体设置方法可以通过软件内置的案例数据进行学习。软件内置了六套数据（可在安装路径下Examples文件夹中找到），通过File->Open可以打开这些数据，之后借助每套数据的Data和Chart页面来的理解设置和图片显示具体的对应关系，从而去学习每一个设置的概念。

Mapchart绘制基因染色体位置图

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