Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 需要测序多少合适？
Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq 3) 需要测序多少合适？
转录组中基因存在表达丰都的差异，如果随机进行测序的话，那么大部分测序到的就是那些丰都较高的基因和转录本。
采用三代全长转录组分析样本中的转录情况，如果要想覆盖大部分的基因， 需要测序数多少才合适呢？ 这个问题可以采用数据来说话。
以人类的Universal Human Reference RNA（来自10个细胞系，增加样本内基因的多样性）为例，分别统计在不同测序量1cell 到 10个cell的情况下，基因和转录本的覆盖情况。
1. 基因的覆盖情况：
下图展示了 随着测序量的增加（测的cell 越多）覆盖到基因数量情况。
2. 转录本的覆盖情况
下图展示的是随着测序深度的增加，覆盖到的转录本情况。
从图中我们可以看出，三代转录组覆盖基因和转录本的情况并不好，随着数据量的增加，饱和的趋势并不好。
如果要进行3代转录组的分析，考虑到成本，毕竟三代的测序还是很贵，建议
1. 首先保证样本的多样性，可以多混合一些组织样本
2. 至少6个cell 的数据量。
- 发表于 2018-08-31 16:49
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- 分类：转录组
