三代纠错软件LoRDEC安装
纠错软件LoRDEC安装
软件地址：https://gite.lirmm.fr/lordec/lordec-releases/wikis/home#lordec
安装版本：0.9
下载之后解压并安装：
环境变量设置，提高GCC版本为 6.4：
export PATH=/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/bin/:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/lib64/:$LD_LIBRARY_PATH
解压并编译：
tar -xjvf lordec-src_0.9.tar.bz2
cd lordec-src_0.9
make clean all -j8
报错1: 提示/usr/bin/cc 下的gcc版本低，发现自己安装的gcc的bin目录没有链接好cc：
可将/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/bin/ 下的gcc链接成cc
cd /share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/bin/ && ln -s gcc cc
报错2：
g++ lordec-correct.cpp -w -Igatb_v1.4.1/include/ "-Iboost_include/" -DGATB_V141 -DLORDECVERSION=0.9 -DGATBVERSION=1.4.1 -std=c++0x -O3 -c
g++ utils.cpp -w -Igatb_v1.4.1/include/ "-Iboost_include/" -DGATB_V141 -DLORDECVERSION=0.9 -DGATBVERSION=1.4.1 -std=c++0x -O3 -c
g++ lordec-stat.cpp -w -Igatb_v1.4.1/include/ "-Iboost_include/" -DGATB_V141 -DLORDECVERSION=0.9 -DGATBVERSION=1.4.1 -std=c++0x -O3 -c
g++ lordec-trim.cpp -w -Igatb_v1.4.1/include/ "-Iboost_include/" -DGATB_V141 -DLORDECVERSION=0.9 -DGATBVERSION=1.4.1 -std=c++0x -O3 -c
g++ lordec-trim-split.cpp -w -Igatb_v1.4.1/include/ "-Iboost_include/" -DGATB_V141 -DLORDECVERSION=0.9 -DGATBVERSION=1.4.1 -std=c++0x -O3 -c
g++ lordec-build-SR-graph.cpp -o lordec-build-SR-graph -w -w -Igatb_v1.4.1/include/ "-Iboost_include/" -DGATB_V141 -DLORDECVERSION=0.9 -DGATBVERSION=1.4.1 -std=c++0x -O3 -Lgatb_v1.4.1/lib/ -lgatbcore -lhdf5 -ldl -lz -lpthread -std=c++0x -O3
g++ lordec-trim.o -Lgatb_v1.4.1/lib/ -lgatbcore -lhdf5 -ldl -lz -lpthread -std=c++0x -O3 -o lordec-trim
g++ lordec-trim-split.o -Lgatb_v1.4.1/lib/ -lgatbcore -lhdf5 -ldl -lz -lpthread -std=c++0x -O3 -o lordec-trim-split
g++ lordec-stat.o -Lgatb_v1.4.1/lib/ -lgatbcore -lhdf5 -ldl -lz -lpthread -std=c++0x -O3 -o lordec-stat
g++ lordec-correct.o utils.o -Lgatb_v1.4.1/lib/ -lgatbcore -lhdf5 -ldl -lz -lpthread -std=c++0x -O3 -o lordec-correct
utils.o: In function `ProgressManager::ProgressManager(long long, char const*)':
utils.cpp:(.text+0x4c): undefined reference to `clock_gettime'
utils.o: In function `ProgressManager::ProgressManager(long long)':
utils.cpp:(.text+0x150): undefined reference to `clock_gettime'
utils.o: In function `ProgressManager::updateProgress(long long)':
utils.cpp:(.text+0x51b): undefined reference to `clock_gettime'
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[1]: *** [lordec-correct] Error 1
make[1]: Leaving directory `/share/work/biosoft/LoRDEC/lordec-src_0.9'
make: *** [lordec_141] Error 2
在 lordec-src_0.9/Makefile 文件中，找到LDFLAGS 末尾添加 -lrt 保存重新 make clean all -j8：
问题解决
- 发表于 2018-09-04 11:08
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- 分类：linux
