samtools tview 可视化查看比对结果
samtools tview 可视化查看比对结果
对于二代测序数据的比对结果bam文件我们可以通过samtools的tview可视化查看特定位置的比对情况：
命令行如下：
samtools tview -p B05:53425172 accepted_hits.bam Bju.genome.fa
DNA重测序比对结果：
结果说明：
“.” 比对到正链;
“，” 表示比对到负链;
“<”或“>” 表示reference skip RNA-seq当中内含子剪切;
"ATCGN" 表示正向mismatch;
"atcgn" 表示反向mismatch;
‘+[0-9]+[ACGTNacgtn]+’ insertion;
‘-[0-9]+[ACGTNacgtn]+’ 表示deletion;
“^”标记reads起始;
“$”标记reads segment结尾;
以下为RNA转录组比对结果展示：
正链：
CATCACTGGTTTAAAGACAAACTTGCATTGTGAGATTCCAAAATAACAACAACAAAAAACAATTTGCATTGAGAACATTTTGAAG .........A....... .....>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> .....>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
负链：
TTTCATTTGCAAGTAATCGATTTAGGTTTTTGATTTTAGGGTTTTTTTTTGTTTTGAACAGTCCAGTCAAAGTACAAATCGAGAG ...KK....KKK..KK.K.K...K........K....K..................KKKK.........K...K........... <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<,,,,,,,,t,,,c,,,,,,,,,,
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- 发表于 2018-09-06 16:59
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- 分类：软件工具
