iTOL绘制好看的系统发育树

系统发育树也称为系统发生树、聚类树或者进化树。它以树状结构表示各个节点的进化和亲缘关系，枝点可以是物种和基因等，在系统发育分析、基因家族和物种进化分析中经常会看到此类图片。

像这个

还有这个

是不是很漂亮？你的呢？还是像这个吗？

想要让你的图也像别人的那样漂亮吗？

来，我给你推荐一款强大好用的在线软件绘图工具—iTOL，让你的论文也有颜值担当！

iTOL简介

iTOL是一款进化树在线展示及注释工具，操作比较简单，但功能非常强大。不仅能够对进化树实现调整树枝、标签的颜色、形状和字体等常规编辑，更能导入不同的注释信息，展示更多的数据信息。iTOL网站地址：http://itol.embl.de/login.cgi

iTOL使用方法

使用iTOL需要先注册，然后就可以登录。

之后导入进化树文件，如MEGA软件生成的Newick文件，Sample project中会显示导入的文件，点击便可看到生成进化树图。

例如，导入后生成的图片（图1）：

左上方的几个放大镜可以实现放大、缩小和还原，最下面的可以进行查找。右侧的Controls可以对进化树进行编辑，例如调整枝的颜色、粗细，文字的字体大小等等。鼠标经过图中的标签或枝还会显示其信息，也可以直接点击鼠标对其进行编辑。

例如编辑后的进化树（图2）：

还没完哦，通过添加不同数据集的注释文件，还可以让进化树展示更多的信息。iTOL官网上提供了很多进化树不同数据集的注释模板，我们可以按照这些模板得到自己的注释文件，添加到进化树中。

注释模板下载示意图：

以range.txt为例，这里是用不同颜色来表示不同的物种，同一个颜色就表示树枝所代表的物种是属于同一个门，文件如下：

其中TREE_COLORS表示对树的颜色修改；SEPARATOR为数据列的分隔符，以TAB分隔；后两行是添加的color range, I148是分类，该分类信息包含在进化树文件中；range表示范围的；#eeffee 是range的颜色；test1是 color range的标签。

将该文件直接拖到图1所示的界面中，就会生成类似图2的进化树。

通过添加不同数据集的注释文件，我们能够得到各种不同的进化树，一起来看一下。

1. 进化树加箱线图

2. 进化树加热图

3. 进化树加柱状图

4. 三者合一：

怎么样？这样做出来的图是不是很酷炫？当然碍于小编审美，展示出来的图未必符合您的口味，那你就亲自来尝试一下吧！我相信一千个达芬奇就会有一千种蒙娜丽莎！期待看到你漂亮的图！

最后祝您科研愉快！

此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下：

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