RNA测序阐释大豆产量调控网络和关键基因
研究方法：
1.选用两种种子大小有明显差异的大豆品种，分别在结种（S1）、种子生长(S2)和早期成熟(S3)三个阶段取样。
2.收集并处理S1时期的种子，使用显微镜观察这个时期两种大豆种子的特征。
3.提取全部RNA,利用Illumina HiSeq2000测序。
4、差异基因和转录表达分析、主成分分析、加权基因共表达网络分析。
研究结果：
1.形态分析
使用显微镜观察S1时期两种大豆的胚，并观察其他时期种子大小，V1的种子明显比V2大很多。
2.主成分分析
主成分分析显示8种样品清晰的分成4组，来自同一阶段的V1和V2样品聚集在一起，表明在每个发育阶段，V1和V2的整体转录组分析相似。
3.基因共表达网络
模块被定义为高度相互关联的基因簇，同一簇内的基因之间具有高相关系数，该分析确定了12个不同的模块（标记为不同的颜色），其中主要树枝定义了模块
WGCNA用于构建基因网络，其中每个节点代表一个基因，并且基因之间的连接线表示共表达相关性。Hub基因是显示网络中大部分连接的基因。
研究结论：
控制大豆种子大小的基因和网络在早期阶段起作用，在较小程度上起作用于S2阶段。在S3-1和S3-2阶段V1和V2基因型之间的基因表达差异可能主要是S1和S2基因差异表达的结果。在S3期种子的种皮中，大量的基因在V1和V2之间差异表达。这些基因可能有助于维持或增强在S1和S2阶段发起的大小差异。
参考文献：
Du Juan,Wang Shoudong,He Cunman et al. Identification of regulatory networks and hub genes controlling soybean seed set and size using RNA sequencing analysis.[J] .J. Exp. Bot., 2017, 68(8): 1955-1972.
- 发表于 2018-04-22 11:16
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- 分类：文献解读
