使用bowtie2进行段序列比对的步骤一般如下：
1.对参考序列构建index
bowtie2-build genome.fasta index
2.序列比对
bowtie2 -p 8 -x index -1reads1.fq -2 reads2.fq -S out.sam
必须参数：
-x <bt2-idx>由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。
-1 <m1>双末端测寻对应的文件1。可以为多个文件，并用逗号分开；多个文件必须和-2<m2>中制定的文件一一对应。
-2 <m2>双末端测寻对应的文件2.
-U <r>非双末端测寻对应的文件。可以为多个文件，并用逗号分开。
-S <hit>所生成的SAM格式的文件前缀。
输出参数：
-t/--time --un <path> 将unpaired reads写入到<path>.
--un-gz <path> 将unpairedreads写入到<path>, gzip压缩.
--un-bz2 <path> 将unpairedreads写入到<path>, bz2压缩.
--al <path> 将至少能比对1次以上的unpairedreads写入<path>.
--al-gz <path> ... ,gzip压缩.
--al-bz2 <path> ... ,bz2压缩.
--un-conc <path> 将不能和谐比对的paired-endreads写入<path>.
--un-conc-gz <path> ... ,gzip压缩.
--un-conc-bz2 <path> ... ,bz2压缩.
--al-conc <path> 将至少能和谐比对一次以上的paired-endreads写入<path>.
--al-conc-gz <path> ... ,gzip压缩.
--al-conc-bz2 <path>... ,bz2压缩.
Sam 参数：
--no-unal不记录没比对上的reads.
性能参数：
-p/--threads NTHREADS 设置线程数.Default: 1
--reorder 多线程运算时, 比对结果在顺序上会和文件中reads的顺序不一致, 使用该选项, 则使其一致.
