使用fastp软件对fastq文件进行剪切

使用fastp软件对fastq文件进行剪切

fastp是一款较新的数据质控软件,可以对测序数据进行处理。这里介绍如何对fastq文件进行剪切。

其命令如下:


fastp --in1 data_yuanshi/Tres_2_1.clean.fq.gz --out1 Tres_2_1.clean.fq.gz --in2 data_yuanshi/Tres_2_2.clean.fq.gz --out2 Tres_2_2.clean.fq.gz  --trim_front1  15  --trim_front2 15  --correction --thread 8

参数:

--in1    read1输入文件

--out1    read1剪切后输出文件

--in2    read2输入文件

--out2    read2剪切后输出文件

--trim_front1    对read1的头部剪切

--trim_front2    对read2的头部剪切

--trim_tail1    对read1的尾部剪切

--trim_tail2    对read2的尾部剪切

--thread    设置线程数

  • 发表于 2018-09-30 14:04
  • 阅读 ( 6129 )
  • 分类:软件工具

0 条评论

请先 登录 后评论
安生水
安生水

343 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 698 文章
  2. 安生水 343 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. xun 78 文章
  6. 红橙子 78 文章
  7. rzx 74 文章
  8. CORNERSTONE 72 文章