Cytoscape如何基于点的属性快速对点和相连的线进行颜色分类
在利用Cytoscape绘图的过程中如何对具有不同属性（分类）的点（以及与该点相连的线）进行颜色着色呢？
譬如下图 显示了miRNA 和靶基因的相互作用，并基于靶基因的类型对网网络图进行了颜色处理，方便显示各个分类：
绘图的原始数据基本格式如下，仅两列：
| miRNA | Target |
| ath-miR156a-3p | AT1G65440 |
| ath-miR156a-3p | AT3G06340 |
| ath-miR156a-3p | AT5G58220 |
| ath-miR156a-5p | AT1G08590 |
| ath-miR156a-5p | AT1G19800 |
| ath-miR156a-5p | AT1G72700 |
| ath-miR156a-5p | AT1G80680 |
| ath-miR156a-5p | AT2G02090 |
| ath-miR156a-5p | AT2G40316 |
| ath-miR156a-5p | AT3G58190 |
| ath-miR156a-5p | AT4G33540 |
| ath-miR156a-5p | AT5G01810 |
| ath-miR156a-5p | AT5G19610 |
| ath-miR156b-3p | AT2G38440 |
| ... | ... |
如涉及相关的属性信息，可以在数据中增加相应的列，来描述点或者线的特征。
基于最原始的数据可以获得如下图片（三角对应miRNA，圆点对应靶基因）：
1、根据其他的分析，例如基于注释，将靶基因所属的pathway列举出来：
| Target | pathway |
| AT1G65440 | A |
| AT3G06340 | A |
| AT5G58220 | A |
| AT1G08590 | A |
| AT1G19800 | A |
| AT1G72700 | A |
| AT1G80680 | A |
| AT2G02090 | A |
| AT2G40316 | A |
| AT3G58190 | |
| AT4G33540 | |
| AT5G01810 | B |
| AT5G19610 | B |
| AT2G38440 | B |
| AT1G08590 | B |
| AT1G19800 | B |
| AT1G72700 | B |
| AT1G80680 | B |
| AT2G02090 | B |
| AT2G40316 | B |
| AT3G58190 | B |
| AT4G33540 | B |
| AT5G01810 | B |
| AT5G19610 | |
| AT1G73370 | |
| AT3G06340 | |
| AT3G12860 | |
| AT1G08590 | C |
| AT1G19800 | C |
| AT1G72700 | C |
| AT1G80680 | C |
| AT2G02090 | C |
| AT2G40316 | C |
| ... | ... |
获取的信息中，有一些基因能注释到特定pathway,有一些不能（可将对应的内容空置不填），基于这样的表格数据，将其作为table，导入到Cytoscape中，作为点的属性，进行绘图。譬如经过table导入后，在对应的数据栏中，显示增加了一列pathway（注意作为table导入的数据应该是去重的数据，也就是说每个靶基因只有一个分类属性）:
2、在控制面板中 对应的select中 设定筛选栏，以Node:pathway来(表示Node属性中pathway这一列的数据) 选择其中一个pathway B，即可将属于这一类的点选中（图中黄色点）
选中点之后，进入控制面板style-node 中在第三列修改点的颜色（第三列仅修改选中的点的设置）
即可将点修改成指定颜色，而与该类点相连的线，可以在选中点之后，基于工具栏select 选中与点相连的线，再进行修改线的颜色。
线的颜色，修改类似于点，选中之后线显示红色，在控制面板Edge中修改，注意选中的线也是第三列，修改颜色为Stroke color
经过多次修改不同类型之后即可完成：
除了基于table之外，也可以对最初导入的Network文件进行信息补充，方便后续进行网络网络设置，例如：
| miRNA | Target | pathway | type |
| ath-miR156a-3p | AT1G65440 | A | A |
| ath-miR156a-3p | AT3G06340 | A | A |
| ath-miR156a-3p | AT5G58220 | A | A |
| ath-miR156a-5p | AT1G08590 | A | A |
| ath-miR156a-5p | AT1G19800 | A | A |
| ath-miR156a-5p | AT1G72700 | A | A |
| ath-miR156a-5p | AT1G80680 | A | A |
| ath-miR156a-5p | AT2G02090 | A | A |
| ath-miR156a-5p | AT2G40316 | A | A |
| ath-miR156a-5p | AT3G58190 | A | A |
| ath-miR156a-5p | AT4G33540 | A | A |
| ath-miR156a-5p | AT5G01810 | A | A |
| ath-miR156a-5p | AT5G19610 | A | A |
| ath-miR156b-3p | AT2G38440 | A | A |
| ath-miR156b-5p | AT1G08590 | A | A |
| ath-miR156b-5p | AT1G19800 | A | A |
| ath-miR156b-5p | AT1G72700 | A | A |
| ath-miR156b-5p | AT1G80680 | ||
| ath-miR156b-5p | AT2G02090 | ||
| ath-miR156b-5p | AT2G40316 | ||
| ath-miR156b-5p | AT3G58190 | ||
| ath-miR156b-5p | AT4G33540 | B | B |
| ath-miR156b-5p | AT5G01810 | B | B |
| ath-miR156b-5p | AT5G19610 | B | B |
| ath-miR156c-3p | AT1G73370 | B | B |
| ath-miR156c-3p | AT3G06340 | B | B |
| ath-miR156c-3p | AT3G12860 | B | B |
| ath-miR156c-5p | AT1G08590 | B | B |
| ath-miR156c-5p | AT1G19800 | B | B |
| ath-miR156c-5p | AT1G72700 | B | B |
| ...... | ... | ... |
在导入网络时，注意将pathway 设置成靶点属性，将type设置成线属性，之后再于控制面板中中设置筛选栏，基于Node:pathway 或者Edge:type去选中点或者线，从而去修改相关的设置也可以达到相同效果。
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- 发表于 2018-10-12 11:28
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- 分类：科研作图
