三个基因组共线性分析
MCscan可以对基因组进行共线性分析，共线性分析通常是两基因组间进行分析，如果要再添加一个基因组，给怎么分析呢？
其实也很简单，只需要进行多次共线性分析，修改配置文件画图即可。
例如我想研究桃子与葡萄、可可之间的共线性，需要分别对葡萄和桃子，桃子和可可 做共线性分析，这里不讲怎么做。
两共线性分析完成后，会得到三个基因组bed文件：grape.bed，peach.bed，cacao.bed。以及两个共线性文件：grape.peach.anchors.simple,peach.cacao.anchors.simple
然后修改两个配置文件：
一个是layout，如下：
# y, xstart, xend, rotation, color, label, va, bed
.7, .1, .8, 15, , Grape, top, grape.bed
.5, .1, .8, 0, , Peach, top, peach.bed
.3, .1, .8, -15, , Cacao, bottom, cacao.bed
# edges
e, 0, 1, grape.peach.anchors.simple
e, 1, 2, peach.cacao.anchors.simple
2,3,4行是三个基因组信息，其中前三列为基因组在图中的位置信息，第四列设置了基因组倾斜角度，最后一列是基因组bed文件。
最后两行为基因组间连线设置，0（Grape），1（Peach），2（Cacao）按前面基因组顺序由0开始代表，后跟基因组间共线性文件。如第6行表示葡萄和桃子间根据共线性文件grape.peach.anchors.simple连线。
两一个是seqid文件，如下：
chr1,chr2,chr3,chr4,chr5,chr6,chr7,chr8,chr9,chr10,chr11,chr12,chr13,chr14,chr15,chr16,chr17,chr18,chr19
scaffold_1,scaffold_2,scaffold_3,scaffold_4,scaffold_5,scaffold_6,scaffold_7,scaffold_8
scaffold_1,scaffold_2,scaffold_3,scaffold_4,scaffold_5,scaffold_6,scaffold_7,scaffold_8,scaffold_9,scaffold_10r
该文件规定图中基因组中染色体顺序，一行代表一个基因组，其顺序要与layout中基因组顺序一致。
最后就可以画图了，结果如图所示：
- 发表于 2018-10-12 13:42
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- 分类：软件工具
