使用mcscan进行共线性分析会得到很多文件,对我们最有用的是 *.anchors 和 *.anchors.simple。下面分别进行说明。
*.anchors.simple 是共线性结果文件 ,如图:
每一行是一个共线性区块,各字段含义:
ref_start_gene参考基因组共线性区块起始基因
ref_end_gene参考基因组共线性区块终止基因
query_start_gene查询基因组共线性区块起始基因
query_end_gene查询基因组共线性区块终止基因
Score得分
orientation方向(相同为正,反转为负)
*.anchors 共线性区块内基因信息文件,如图:
### 之间为一个共线性区块,每行是区块内基因对应关系
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