phytozome植物基因组下载网站

今天主要介绍一下Phytozome网站基因组如何下载,通过blast查询多个物种中得同源基因,以及根据基因相关功能结构域等批量下载相关基因的CDS,PEP等序列信息;

Phytozome 作为专门收录植物基因组的网站,在基因组数据的下载、查询、可视化浏览等方面做的也很不错,也是一个不错的基因组数据下载数据库。

今天主要介绍一下该网站基因组如何下载,如何通过blast查询同源基因,以及根据基因相关功能结构域批量下载相关基因的CDS,PEP等序列信息;


基因组下载

该网站需要注册登陆之后才能下载基因组数据:注册也非常简单,这里就不详细说明了:注册完账号登陆就可以:https://phytozome.jgi.doe.gov

attachments-2018-04-yDYHWzRf5adc287627c4a.png

登陆之后就可以去下载参考基因组,输入自己物种的拉丁名搜索,之后点击添加到genome selected:


attachments-2023-08-ZEjXKb0t64cb121240dbe.png

点击物种名称,进入物种介绍页面:



attachments-2023-08-1qkOyDaZ64cb12aec32f2.png

基因组介绍页面,可点击download页面下载:
attachments-2023-08-z7ePS96L64cb12d349610.png

勾选自己想要的数据,最后到购物车中下载即可:






查找相似功能或结构域的基因序列,并批量下载:

以拟南芥基因组为例,查找Nucleotide binding site,NBS结构域相关的基因,并批量下载其CDS等序列,以便用于做后续分析;如定量,设计引物,同源比对等等;

首先,回到首页,1.点击想要搜索的物种, 2 选择find genes by keywords  


attachments-2023-08-5zDOLPqm64cb143e64191.png


得到很多关于NBS相关的基因,共有128个基因如下:


attachments-2023-08-eENVLWkw64cb14a915bf3.png

批量下载这些基因的序列:先勾选所有基因,注意有翻页,记得一起勾选上,再add一下:


attachments-2023-08-dYpCqzcU64cb15c043f87.png


然后就可以按下面的步骤下载想要的序列了,非常的方便:

attachments-2023-08-pm8ujGm164cb160ea3cca.png

当然了,如果想看其中一个感兴趣的基因具体的信息也非常的方便:只要点击GB 可视化方法就可以:


attachments-2023-08-ZxMBYAbt64cb166080eb5.png


点击B显示的效果:


attachments-2023-08-J7uu7LoT64cb1676cdf3c.png

点击G显示的效果,具体序列直接可以得到:

关于该基因的序列,功能,基因外显子内含子,同源蛋白,表达量等信息应有尽有:

attachments-2023-08-bAY1XBWJ64cb168b5826b.png


blast 比对查找同源序列

进入首页 ,多勾选几个感兴趣物种,

attachments-2023-08-raPEdtU864cb16f809646.png
然后点击 search blast, 输入自己的序列:

attachments-2023-08-7j4ioJpK64cb179623af8.png

搜索结果如下,也可以批量导出,便于后续分析,是不是功能很强大?

attachments-2023-08-NupuwUmF64cb180f40c31.png



更多生物信息课程:https://study.omicsclass.com/index


  • 发表于 2018-04-22 14:21
  • 阅读 ( 41421 )
  • 分类:软件工具

你可能感兴趣的文章

相关问题

3 条评论

请先 登录 后评论
omicsgene
omicsgene

生物信息

702 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 702 文章
  2. 安生水 351 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. xun 82 文章
  6. rzx 78 文章
  7. 红橙子 78 文章
  8. CORNERSTONE 72 文章