采用traceback 进行R语言报错信息的调试

采用traceback 进行R语言报错信息的调试

R语言中的函数调用报错,一般不是很精确,很难查找到出错的具体原因。但是在R中可以采用traceback 进行初步的判断。

以下是一个示例:在运行gdcCEAnalysis 这个函数时,报错“names' attribute [11055] must be the same length as the vector [2777]” ,你根本不知道是什么原因导致这个错误。采用traceback函数之后,就会显示函数运行时具体到哪一步存在问题。


> ceOutput <- gdcCEAnalysis(lnc         = rownames(deLNC), 
+                           pc          = rownames(dePC), 
+                           lnc.targets = lnc_miRNA_Targets, 
+                           pc.targets  = gene_miRNA_Targets, 
+                           rna.expr    = rnaExpr, 
+                           mir.expr    = mirExpr)
Error in attributes(.Data) <- c(attributes(.Data), attrib) : 
  'names' attribute [11055] must be the same length as the vector [2777]
> traceback()
5: structure(res, levels = lv, names = nm, class = "factor")
4: unlist(pc.targets)
3: unique(unlist(pc.targets))
2: hyperTestFun(lnc, pc, deMIR, lnc.targets = lnc.targets, pc.targets = pc.targets)
1: gdcCEAnalysis(lnc = rownames(deLNC), pc = rownames(dePC), lnc.targets = lnc_miRNA_Targets, 
       pc.targets = gene_miRNA_Targets, rna.expr = rnaExpr, mir.expr = mirExpr)

  • 发表于 2018-10-18 20:54
  • 阅读 ( 5549 )
  • 分类:R

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