R语言中的函数调用报错,一般不是很精确,很难查找到出错的具体原因。但是在R中可以采用traceback 进行初步的判断。
以下是一个示例:在运行gdcCEAnalysis 这个函数时,报错“names' attribute [11055] must be the same length as the vector [2777]” ,你根本不知道是什么原因导致这个错误。采用traceback函数之后,就会显示函数运行时具体到哪一步存在问题。
> ceOutput <- gdcCEAnalysis(lnc = rownames(deLNC), + pc = rownames(dePC), + lnc.targets = lnc_miRNA_Targets, + pc.targets = gene_miRNA_Targets, + rna.expr = rnaExpr, + mir.expr = mirExpr) Error in attributes(.Data) <- c(attributes(.Data), attrib) : 'names' attribute [11055] must be the same length as the vector [2777] > traceback() 5: structure(res, levels = lv, names = nm, class = "factor") 4: unlist(pc.targets) 3: unique(unlist(pc.targets)) 2: hyperTestFun(lnc, pc, deMIR, lnc.targets = lnc.targets, pc.targets = pc.targets) 1: gdcCEAnalysis(lnc = rownames(deLNC), pc = rownames(dePC), lnc.targets = lnc_miRNA_Targets, pc.targets = gene_miRNA_Targets, rna.expr = rnaExpr, mir.expr = mirExpr)
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