plot单独画出pheatmap返回的聚类结果（聚类树）
前面两篇文章介绍到pheatmap返回行和列的hclust结果：
pheatmap返回的结果解释（获得新的排序信息） https://www.omicsclass.com/article/507
cutree对pheatmap返回结果实现聚类cluster划分 https://www.omicsclass.com/article/508
1、按照前两篇文章的基础数据获得的热图结果，对行（基因的聚类结果）聚类树单独进行绘制，可以借助plot()函数：
默认画法
> plot(list$tree_row)
而有一个有趣的函数rect.hclust()可以将hclust结果绘图，并圈选出不同的cluster，譬如设定3个cluser:
> rect.hclust(list$tree_row,k=3)
得到如下结果：
2、而将hclust结果转换成另类树形图as.dendrogram()可以选择type画出其他形状的树形图：
这个树形图一共包含两个type，可以查询?as.dendrogram() 或者?plot.dendrogram得知
> plot(as.dendrogram(list$tree_row),type = "triangle")
或者：
> plot(as.dendrogram(list$tree_row),type = "rectangle")
3、R包ape 中as.phylo(list$tree_row) 可以将hclust返回的结果转化成系统进化树，从而画出新的树形图：
这种树形图画法type很多，可以查询?plot.phylo 获得
默认：
> plot(as.phylo(list$tree_row),type="phylogram")
install.packages("ape")
library(ape)
> plot(as.phylo(list$tree_row),type="fan")
type a character string specifying the type of phylogeny to be drawn; it must be one of "phylogram" (the default), "cladogram", "fan", "unrooted", "radial" or any unambiguous abbreviation of these. cladogram
unrooted
|
……
如果想提升自己的绘图技能，我们推荐：R语言绘图基础（ggplot2)
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- 发表于 2018-10-19 15:44
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- 分类：R
