TCGA-构建ceRNA网络的软件GDCRNATools
TCGA-构建ceRNA网络的软件GDCRNATools
最近在研究ceRNA，本来是打算自己写程序进行分析的，后来无意间看到了GDCRNATools这个R包，该软件包，功能比较强大，能够完成ceRNA网络分析的所有分析内容。
该软件的主要功能可以概括如下：
1. 数据下载
1.1 支持转录组数据和miRNA数据的下载和数据合并
1.2 支持临床数据的下载，但是数据的合并，该软件还存在bug
2. 数据分析
2.1 差异表达分析， 支持DeSeq2, edgeR, lima 等删除算法进行差异表达分析
2.2 ceRNA 网络构建： 方便基于lncRNA, 编码蛋白的基因以及miRNA 构建ceRNA 网络
2.3 生存分析： 针对差异表达显著的分子，可以进行生存分析
2.4 基因功能富集分析： 针对差异表的基因或ceRNA网络相关的基因进行GO,KEGG等功能富集分析
该软件的功能简单介绍到这里，有兴趣的话，可以去去查看该软件包的使用说明文档和相应的文章。
如果您对TCGA数据挖掘感兴趣，请学习我的TCGA系列课程：
- 发表于 2018-10-19 16:13
- 阅读 ( 3887 )
- 分类：TCGA
