高通量测序这几年比较热门，蛋白质组学也慢慢火起来了。 那么分析蛋白质组的数据的软件，那个值得推荐呢？
我查询了不少资料，发现不少蛋白质组分析软件都偏向于收费，而且很多都是windows上运行。在众多软件中，我比较推荐MaxQuant 。 主要有如下理由：
1. 更新维护： 该软件有十几年的开发历史，一直在更新迭代。
2. 培训：每年都举办相应的培训会议，目前已经举办了10届。
3. 权威： 该软件最新的一篇文章是发表在nature protocol 上，被广大科研工作者使用。
4. 免费： 在众多收费软件，或者需要lience 的软件中，该软件是免费的，可以自由的下载和使用 。
蛋白质组的分析软件虽然比较多，但主要是在windows 平台，使用都比较复杂，不方便进行自动化的处理。未来蛋白质的数据原来越多，期待一款能在linux 上运行，且性能良好的软件
