鲈鱼MAPK基因家族分析文献下载及解读
鲈鱼MAPK基因家族分析文献下载：Identification of mapk gene family in Lateolabrax maculatus and their expression profiles in response to hypoxia and salinity challenges.pdf（点此题目下载原文）
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一起看一篇10月11日发表在期刊Gene（IF=2.498）上的题为：Identification of mapk gene family in Lateolabrax maculatus and their expression profiles in response to hypoxia and salinity challenges的基因家族分析文章！该文章解析的是鲈鱼 Mitogen-activated protein kinases (MAPK)基因家族，并通过盐及低氧胁迫分析该家族基因在应答环境胁迫过程中的表达模式变化情况。下面一起看看这篇文章都做了哪些分析！
Results：
1. MAPK基因家族鉴定
共鉴定到14个MAPK家族基因，并根据其磷酸化作用位点划分为3个亚家族，其中MAPK14有2个拷贝，具体信息见下表：
2. MAPK家族基因复制分析
以上14个MAPK家族基因在不同物种中相对保守，MAPK14在鱼类中是相对保守的，具体差异见下表：
3. MAPK家族系统发育树分析
系统发育树选择了如人、小鼠等哺乳动物及斑马鱼等硬骨鱼一起构建系统发育树，如下图：
4. 共线性分析
主要分析了鲈鱼和斑马鱼间MAPK14及其上下游基因共线性，如下图，MAPK14a和MAPK14b在两物种中表现较为保守。
5. MAPK基因三维结构
作者预测了人、斑马鱼和鲈鱼MAPK家族基因三位高级构像，该家族基因由α helices、β strands 和 phosphorylation lips三部分组成，如下图：
6. 盐胁迫下 MAPK家族基因表达模式变化
依据前人报道，选择5个MAPK家族基因，用实时定量方法测定盐胁迫0h, 1h, 3h, 6h, 12h, 24h和72h后，该5基因表达变化情况，如下图：
7. 低氧胁迫下MAPK家族基因表达模式变化情况
作者同样选择5个MAPK家族基因，依然采用实时定量方法来测定氧胁迫下0h, 1h, 3h, 6h, 12h and 24h后以上5基因表达变化情况，如下图：
以上就是结果部分内容，内容依然是基因家族分析文章的经典套路！是不是很简单？小编可以负责任地告诉大家，目前基因家族分析文章较单纯转录组文章要好发，分数在1-3分左右，建议做过转录组或即将做转录组的朋友给与更多关注。
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参考文献：Yuan Tian at all. Identification of mapk gene family in Lateolabrax maculatus and their expression profiles in response to hypoxia and salinity challenges. Gene. 2018.10.
延伸阅读：
- 发表于 2018-10-22 08:58
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- 分类：基因家族分析
