基因家族鉴定分析操作手册：

基因家族鉴定分析总结

基因家族分析视频课程：https://www.omicsclass.com/article/2260

1.下载基因组信息文件，gff，cds，pep，fasta文件：

Ensembl下载地址：http://plants.ensembl.org/index.html 下载方法可参考：https://www.omicsclass.com/article/58

phytozome（JGI）下载地址：https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html 下载方法可以参考：https://www.omicsclass.com/article/50

NCBI官网下载：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 下载方法可参考：https://www.omicsclass.com/article/497

2.hmmer鉴定基因家族（拟南芥WRKY基因家族为例）：

2.1 hmmer 搜索鉴定基因家族

如何知道自己要研究的基因家族的pfam号：https://www.omicsclass.com/question/268

WRKY基因家族：Pfam 隐马尔科夫模型下载：https://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/pfam/PF03106/

HSP20基因家族：Pfam 隐马尔科夫模型下载：https://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/pfam/PF00011/

Hmmer软件官方说明文档：http://eddylab.org/software/hmmer/Userguide.pdf

Hmmsearch 搜索结果说明：https://www.omicsclass.com/article/499

2.2 手动确认结构域；

SMART：https://www.omicsclass.com/article/681

NCBI CDD：https://www.omicsclass.com/article/310

pfam：https://www.ebi.ac.uk/interpro/

蛋白分子量分析：ExPASy (http://web.expasy.org/protparam/)

2.3. blast鉴定基因家族分析

（适用于研究基因家族没有PFam号的情况）（可选分析，根据自己基因家族特点是否选择）

Blastall使用参数详细说明：https://www.omicsclass.com/article/504

Blast m8格式输出结果说明：https://www.omicsclass.com/article/505

3.进化树分析

3.1 基因蛋白结构域构建进化树

3.2 基因蛋白全长构建进化树

Evolview进化树美化：

2.0：http://www.omicsclass.com/article/671 推荐

3.0：http://www.omicsclass.com/article/963

ITOL进化树美化：https://itol.embl.de/

itol编辑进化树枝颜色（分组）： https://www.omicsclass.com/article/448 ；查看node id： https://www.omicsclass.com/article/433；

添加背景颜色：https://www.omicsclass.com/article/343

4.MEME 搜索基因motif分析

Motif序列信息查看：https://www.omicsclass.com/article/432

获取motif图片：https://www.omicsclass.com/article/67

5.基因结构分析- 外显子内含子等展示

GSDS网址：http://gsds.gao-lab.org/

GSDS绘图参考：https://www.omicsclass.com/article/63

进化树+motif+基因结构三个一起显示: https://www.omicsclass.com/article/1269

6. 蛋白序列多序列比对图展示

genedoc绘图参考: https://www.omicsclass.com/article/502

参考文献: https://doi.org/10.1016/j.ecoenv.2019.01.008

7. 基因定位到染色体

Mapchart绘图参考：https://www.omicsclass.com/article/397

8.基因顺势作用原件分析

Plant CARE 地址：http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/，这个网站的优点就是很多文章使用，可以引用

PLACE：https://sogo.dna.affrc.go.jp/cgi-bin/sogo.cgi?sid=&lang=en&pj=640&action=page&page=newplace 它的优点是每次可以输入20条序列，出结果的速度也比Plant CARE 快。

提取顺势作用原件，利用GSDS绘图：

9.基因亚细胞定位

蛋白亚细胞定位笔记: https://www.omicsclass.com/article/1438

10 蛋白三维结构分析

参考笔记: https://www.omicsclass.com/article/1441

11.基因家族加倍与扩张

基因家族扩张原理: https://www.omicsclass.com/article/494

基因家族基因串联重复与大片段复制定义与区别: https://www.omicsclass.com/question/1

11.1 mcscanX共线性分析 (基因组内共线性分析) 发现串联重复与大片段复制基因;

基因组内共线性分析参考：https://www.omicsclass.com/article/275

提取基因家族串联重复脚本：https://www.omicsclass.com/article/399

基因重叠显示解决：https://www.omicsclass.com/article/678

11.2 复制基因计算kaks

kaks详解概念参考: https://www.omicsclass.com/article/699

复制基因分离时间计算：https://www.omicsclass.com/question/896

11.3 blast分析方法发现基因组内复制基因;

方法参考: https://www.omicsclass.com/article/1195

Blast比对结果解读：https ://www.omicsclass.com/article/505

12 基因组间共线性分析基因家族同源进化关系分析

物种之间共线性分析参考：https://www.omicsclass.com/article/284。

方法参考：https://www.omicsclass.com/article/493

白菜WRKY家族文献: https://link.springer.com/article/10.1007/s11105-013-0672-2

这部分已经安装成功：

安装python版本的MCScanX：https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version)

sudo /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/pip install jcvi

sudo /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/pip install scipy

13.结合转录组分析

13.1.GEO数据库：

数据下载：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE121407

绘制热图在线工具：http://www.heatmapper.ca/ 使用笔记：https://www.omicsclass.com/article/792

meV工具绘制热图：http://www.omicsclass.com/article/263 ；修改颜色：http://www.omicsclass.com/article/437

13.2.SRA高通量二代测序数据，数据库下载数据方法，需要做转录组分析：

https://www.omicsclass.com/article/53

发表于 2018-10-29 18:10
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分类：基因家族分析