二代测序原理
illumina 边合成边测序，理解测序原理对后续数据分析很有帮助。
视频地址：illumina二代测序原理视频
flowcell的大小：
是不是比想象的要小？
Cluster：
通过片段复制形成cluster，这样成簇之后可以放大荧光信号便于捕获，也带来一个问题，随着测序长度的增加就不能保证一个簇里面所有的片段测序进度保持一致，所以随着测序长度的增加测序质量会越来越低，这也限制了illumina测序read的长度。
测序是随机的
制备的DNA文库是随机结合到flowcell中oligo上的，flowcell顾名思义就是有液体在里面流来流去，那么没有结合到flowcell上的DNA片段就会被溶液冲走，如果两个片段结合的位置挨得太近影响荧光信号的识别，计算机会自动去掉这两个点，以保证测序质量；另外，DNA文库中只有一部分片段随机的结合到flowcell当中；那么问题来了，这样丢掉了很多片段，我们的数据是不是不能覆盖所有的基因（RNA-seq）或者基因组（重测序）？ 这个不必担心，因为我们的文库DNA量足够的大（PCR扩增），测序的量也是过量的，只要这两个过程够随机那么就能均匀的覆盖基因组所有区域，满足我们的分析要求。
- 发表于 2018-04-22 14:40
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