clustalW命令行批量多序列比对
clustalw批量多序列比对
我们知道clustalw在linux当中是可以做多序列比对的，但是这个软件为交互式的，需要一步一步的输入指令，才能完成多序列比对：
例如输入，1 回车，输入序列文件，回车等等：
要是简单的做一两个fasta序列文件比对的话我们还可以忍受，但是有几十上百的序列文件我们要比对的时候，就太不方便了；
这里给大家总结一个经验：可以将我们输入的指令都保存下来，\n 表示回车，然后像下面一样通过管道输入给clustalw，就可以批量运行了：
echo "1\nWRKY_domain.fa\n2\n1\nWRKY_domain.aln\nWRKY_domain.dnd\nX\n\n\nX\n" |clustalw2
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- 发表于 2018-11-09 14:03
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- 分类：软件工具
