CGVIEW：微生物基因组和质粒圈图绘制分析软件
CGVIEW：微生物基因组分析软件
CGVIEW：微生物基因组分析软件
简要介绍：
微生物基因组分析软件：
GC含量，GC skew- ，GC skew+ 计算；
ORF，起始密码子，终止密码子等的检测。
使用过程：（以一组基因分析为例）：
1. 文件准备以及格式：
1） 基因组文件：为细菌的基因组序列（fasta格式，或者gbk格式）
2） 标记基因文件：表头必须为以下8列（红色列必须给出，其他列的值可空或者用‘.’代替）
| seqname | source | feature | start | end | score | strand | frame |
'seqname' 基因名字
'feature' 基因类别 (CDS, rRNA, tRNA, other) or 或者 COG 分类 (J for example).
'start' 和'end' 起始终止位置
'strand' 正负连
3） blast结果文件（demo）
这些列必须得有数据：query_id, %_identity, q_start, q_end,alignment_length, evalue，其他可空。
2. 生成XML文件：
perl /share/work/biosoft/CGView/cgview/cgview_xml_builder/cgview_xml_builder.pl -sequence demo.fa -output contigs.fa.xml -tick_density 0.7 -linear T -size large -gene_decoration arc -genes annotion1.pos connect_seq.pos -blast gene.blast -hit_labels T
3. 生成图片
java -jar -Xmx1500m /share/work/biosoft/CGView/cgview/cgview.jar -i contigs.fa.xml -o map.png -f png
总结：小基因组分析软件：展示全基因组的信息，自动计算GC含量和偏移，分析十分方便。
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- 发表于 2018-11-13 13:43
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- 分类：软件工具
