NCBI 中搜索某类基因蛋白序列技巧
有时候做基因家族分析分析的时候，我们需要搜索一类基因，比如某类基因家族基因做为种子序列，然后在自己的基因组或者蛋白序列中鉴定是否也存在这类基因，例如下面这篇葡萄中的基因家族鉴定，就是从NCBI上获得拟南芥和水稻的14-3-3蛋白序列作为种子序列：
题目：Genome-wide identification and characterization of the 14–3-3 family in Vitis vinifera L. during berry development and cold- and heat-stress response
https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-018-4955-8
搜索方法演示： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
选择protein数据，输入14-3-3关键字，然后搜索：
搜索之后，得到下面的页面，我们可以再进一步筛选：
点选，左边的植物，还有右边的拟南芥或者水稻得到下面结果：
增加搜索条件，准确找到拟南芥中的，14-3-3基因，搜索条件如下，
注意：title 中包含就用AND，不包含某类关键字用NOT
搜索公式：14-3-3[All Fields] AND "Arabidopsis thaliana"[porgn] AND family protein[title] AND 14-3-3[title] AND plants[filter]
筛选到可靠的结果之后，我们就可以，点击send to 把想要的基因的蛋白序列批量下载下来，同样的方法我们可以再搜索一下水稻的，
更多生物信息课程：
1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读
2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读
3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，提升你的文章档次，学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析
4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读
5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程
6. 生物信息入门到精通必修基础课：linux系统使用、perl入门到精通、perl语言高级、R语言画图
7. 医学相关数据挖掘课程，不用做实验也能发文章：TCGA-差异基因分析、GEO芯片数据挖掘、 GEO芯片数据不同平台标准化 、GSEA富集分析课程、TCGA临床数据生存分析、TCGA-转录因子分析、TCGA-ceRNA调控网络分析
8.其他，二代测序转录组数据自主分析、NCBI数据上传、二代测序数据解读、
- 发表于 2018-11-13 21:49
- 阅读 ( 12535 )
- 分类：软件工具
