bioperl读写gz压缩格式的fasta/fastq文件方法如下:
输入文件句柄:
fastq文件
open my $FQ ,"zcat infile.fq.gz|" or die "$!";
my$fq=Bio::SeqIO->new(-fh=>$FQ,-format=>'fastq');
输出文件句柄:
fastq文件
open my $GZ ,"| gzip >outfile.fq.gz" or die $!;
my$out = Bio::SeqIO->new(-fh => $GZ , -format => 'fastq');
fasta文件
open my $GZ ,"| gzip >outfile.fa.gz" or die $!;
my$out = Bio::SeqIO->new(-fh => $GZ , -format => 'fasta');
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