蛋白质组数据,采用Maxquant 进行蛋白的鉴定和定量之后,可以采用R包“proteusTMT” 进行差异表达分析和统计分析。
其中比较关键的是如何在meta文件中设置样本标记信息和分组信息。
meta文件,格式(采用tab 分割)如下:
measure experiment sample condition replicate Reporter intensity 0 1 A-1 A 1 Reporter intensity 0 2 A-2 A 2 Reporter intensity 0 3 A-3 A 3 Reporter intensity 1 1 B-1 B 1 Reporter intensity 1 2 B-2 B 2 Reporter intensity 1 3 B-3 B 3 Reporter intensity 2 1 C-1 C 1 Reporter intensity 2 2 C-2 C 2 Reporter intensity 2 3 C-3 C 3 Reporter intensity 3 1 D-1 D 1 Reporter intensity 3 2 D-2 D 2 Reporter intensity 3 3 D-3 D 3 Reporter intensity 4 1 Q-1 Q 1 Reporter intensity 4 2 Q-2 Q 2 Reporter intensity 4 3 Q-3 Q 3
measure:指定样本的标记离子的顺序
experiment:设置第几批产生的数据
sample: 指定样品编号
condition: 指定样品分组
replicate: 指定生物学重复样本的编号
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