系统发育树也称为系统发生树、聚类树或者进化树。它以树状结构表示各个节点的进化和亲缘关系,枝点可以是物种和基因等。
之前给大家推荐了iTOL绘制进化树, 绘一棵超酷炫的系统发育树 和 进化树中如何体现分组,这里再推荐另一款同样非常好用的进化树在线绘制软件——Evolview。
Evolview是一款在线进化树注释软件,能够实现很复杂的注释效果,且用法并不复杂。使用该网站需要注册账号,设置完毕的进化树也会长期保存。
网站地址:https://evolgenius.info//evolview-v2/#login
1.导入进化树文件
Evolview能够接收Newick、NHX、PhyloXML和Nexux等格式的进化树文件,比如MEGA等软件输出的Newick文件,见下图:
2.进化树基础设置
导入进化树后需要进行一些调整,例如字体大小、枝的粗细、进化树形状等等,如下图,可以方便利用方框内相应选项进行设置。
3.设置分支、标签及其背景颜色
在"Annotation upload"中可选择设置分支、标签以及背景颜色,如下:
注释的格式为:location,color,commands,共三列,由制表符分隔。
location:叶节点,也可为由逗号分隔的2个叶节点
color:分支、标签或背景颜色
commands:控制命令(可不设)
由于篇幅限制,具体的格式语法就不说了,大家可在上上图中的帮助查看,讲的非常详细,一定要看哦。
4.设置标签装饰
格式:location shape,color[:stroke_color]
location:一个叶节点的名称
shape,color[:stroke_color]:装饰形状(shape),填充色(color),边框色(stroke_color)。
至少有2列:由制表符分隔。可以设置多列,格式和作用与第2列相同,即一个标签可以设置多个装饰图形。
形状类型:triangle(三角形)、circle(圆形)、rect(矩形)、star(星形)、check(勾形)
具体语法请见帮助。
5.设置分组标签
设置语句含2列,以制表符分隔。
第1列:可以是一个叶节点,或者由逗号分隔的2个叶节点
第2列:设置文字标签(text=label,必须)和格式参数(color=可选)
具体语法请见帮助。
6.显示Bootstrap值
点击 “Basic > show/hide bootstrap scores” 打开bootstrap值的显示开关。
点击“Annotation upload > upload data for Boostrap value styles”。
设置语句分为2列,由制表符分隔。
第一列:bootstrap值的范围,一个值,或者由逗号或冒号分隔的2个值
第二列:bootstrap值的显示格式参数
具体语法请见帮助。
7.其他设置
除此之外,还可在图中添加柱状图、热图、点图、蛋白质结构图等。
最后,高颜值的进化树图就诞生啦!
以上操作介绍完了,怎么样?是不是很简单?有兴趣的小伙伴自己动手试试吧!
最后祝您科研愉快!
(图片源于网络,侵删)
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