4个样品重测序发PlosOne
小投入高产出
全基因组重测序，大多做群体遗传进化，或者全基因组关联分析（GWAS）的确能发高分文章，很多发表在Nature，Nature genetic等国际著名期刊上。但是，对于哪些大牛的文章，动辄测几十上百甚至上千的样本量，对于经费紧张的老师也只能望而却步。然而，测少量样品能发好文章吗？回答是肯定的，可以。今天小编就来分享一篇小投入高产出的文献；4个甜瓜重测序绘制抗白粉变异图谱[1]发PLoS ONE；
文献解读
作者对白粉病不同抗性的4个甜瓜品种进行高深度重测序，四个品种中三个高抗白粉病（ Edisto, MR-1, and PMR5: resistant），一个易感白粉病（SCNU1154: susceptible;），得到测序reads与参考基因组比对，查找SNP，Indel，SV等变异信息，并对变异信息进行质控过滤，变异信息在染色体上的分布比较，统计信息；这些都是常规重测序变异检测分析内容；
重要的分析内容, 也是文章的亮点在于，作者额外鉴定了甜瓜基因组中一类疾病抗性基因家族（NBS），NBS基因家族在植物中广泛存在，常见的有
CNL [CC-NB-LRR, proteins containing coiled-coil (CC), nucleotide-binding site (NBS), and leucine-rich repeat (LRR) domains], TNL [TIR-NB-LRR, Toll-interleukin receptor-like, nucleotide binding site (NB) and LRR domains], RLP (receptor serine/threonine kinase-like domain), and an extracellular LRR (ser/thr-LRR); 这些基因往往和植物抗病性相关，因此，找到抗性品种与感病品种在这些基因上不同的变异信息非常重要，因为这些变异位点很可能与植株的抗病性获得息息相关，作者通过感抗品种变异信息的对比和筛选，绘制了抗性位点的变异图谱，并用不同的颜色标注变异与抗性的相关性，为后续的研究提供了研究方向和基础；
参考文献如下：
[1] Natarajan S, Kim H-T, Thamilarasan SK, Veerappan K, Park J-I, Nou I-S. Whole Genome Re-Sequencing and Characterization of Powdery Mildew Disease-Associated Allelic Variation in Melon. Gent D, ed. PLoS ONE. 2016;11(6):e0157524. doi:10.1371/journal.pone.0157524.
- 发表于 2018-04-22 15:04
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