基因芯片灰度图是最原始的图像(基本的杂交扫描图之一),每个灰度值都反映了图像所对应芯片位置的荧光分子相对强度信息。利用灰度图可以查看芯片的质量情况,最好
没有杂质,例如太高或者太低强度的信号点,刮擦的痕迹,背景太高等等,整个图像比较均一,背景均一。
基于affy包中的image()函数,对AffyBatch对象直接可以绘制出每一个样本芯片的灰度图,
以GSE66196数据为例,绘制第一个样本灰度图。
image(AffyBatch[,1])
1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读
2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读
3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提升你的文章档次,学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析
4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读
5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程
6. 生物信息入门到精通必修基础课:linux系统使用、perl入门到精通、perl语言高级、R语言入门、R语言画图
7. 医学相关数据挖掘课程,不用做实验也能发文章:TCGA-差异基因分析、GEO芯片数据挖掘、GEO芯片数据标准化、GSEA富集分析课程、TCGA临床数据生存分析、TCGA-转录因子分析、TCGA-ceRNA调控网络分析
8.其他,二代测序转录组数据自主分析、NCBI数据上传、二代测序数据解读
如果觉得我的文章对您有用,请随意打赏。你的支持将鼓励我继续创作!