affymetrix芯片未标准化数据分布
获取芯片原始数据得到为标准化的数据，需要查看原数据的分布情况，可以通过多种方法获得分布图片。
以affy包ReadyAffy()读取CEL结果：AffyBatch对象为例（GSE66196）
1、箱线图：基于boxplo...
获取芯片原始数据得到为标准化的数据，需要查看原数据的分布情况，可以通过多种方法获得分布图片。
以affy包ReadyAffy()读取CEL结果：AffyBatch对象为例（GSE66196）
1、箱线图：基于boxplot查看，在加载affy之后，利用boxplot可以直接对AffyBatchd
n.sample = length(AffyBatch$sample)
cols = rainbow(n.sample)
par(cex = 0.7)
if(n.sample>40) par(cex = 0.5)
boxplot(AffyBatch,col = cols, las = 2)
2、hist曲线，绘图类似boxplot，加载affy之后，可以直接进行绘图
> SampleNames
[1] "GSM1616746" "GSM1616747" "GSM1616748" "GSM1616749" "GSM1616750"
[6] "GSM1616751" "GSM1616752" "GSM1616753" "GSM1616754" "GSM1616755"
[11] "GSM1616756" "GSM1616757"
par(cex=0.7)
if(n.sample>40) par(cex = 0.5)
hist(AffyBatch,col = cols, las = 1,lty=1)
legend("topright",legend =SampleNames,col=cols,lty=1,box.lty=0,bg=NA)
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- 发表于 2018-12-07 14:46
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- 分类：R
