affymetrix芯片未标准化数据分布
获取芯片原始数据得到为标准化的数据，需要查看原数据的分布情况，可以通过多种方法获得分布图片。
以affy包ReadyAffy()读取CEL结果：AffyBatch对象为例（GSE66196）
1、箱线图：基于boxplo...
获取芯片原始数据得到为标准化的数据，需要查看原数据的分布情况，可以通过多种方法获得分布图片。
以affy包ReadyAffy()读取CEL结果：AffyBatch对象为例（GSE66196）
1、箱线图：基于boxplot查看，在加载affy之后，利用boxplot可以直接对AffyBatchd
n.sample = length(AffyBatch$sample)
cols = rainbow(n.sample)
par(cex = 0.7)
if(n.sample>40) par(cex = 0.5)
boxplot(AffyBatch,col = cols, las = 2)
2、hist曲线，绘图类似boxplot，加载affy之后，可以直接进行绘图
> SampleNames
[1] "GSM1616746" "GSM1616747" "GSM1616748" "GSM1616749" "GSM1616750"
[6] "GSM1616751" "GSM1616752" "GSM1616753" "GSM1616754" "GSM1616755"
[11] "GSM1616756" "GSM1616757"
par(cex=0.7)
if(n.sample>40) par(cex = 0.5)
hist(AffyBatch,col = cols, las = 1,lty=1)
legend("topright",legend =SampleNames,col=cols,lty=1,box.lty=0,bg=NA)
相关课程：GEO芯片数据挖掘、GEO芯片数据标准化、R语言画图
更多生物信息课程：
1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读
2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读
3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，提升你的文章档次，学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析
4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读
5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程
6. 生物信息入门到精通必修基础课：linux系统使用、perl入门到精通、perl语言高级、R语言入门、R语言画图
7. 医学相关数据挖掘课程，不用做实验也能发文章：TCGA-差异基因分析、GEO芯片数据挖掘、GEO芯片数据标准化、GSEA富集分析课程、TCGA临床数据生存分析、TCGA-转录因子分析、TCGA-ceRNA调控网络分析
8.其他，二代测序转录组数据自主分析、NCBI数据上传、二代测序数据解读
- 发表于 2018-12-07 14:46
- 阅读 ( 3581 )
- 分类：R
