aggregate可以对数据分组处理,见:https://www.omicsclass.com/article/153 页面
limma包提供一个函数avereps可以对相同ID的数据取均值,识别的输入数据可以是matrix,MAList或者EList,后两者涉及芯片数据标准化过程,此处仅介绍如何针对matrix数据进行处理。
指定数据如下:相同type取均值
> dat
type Num1 Num2
1 A 90 89
2 B 34 32
3 C 56 53
4 D 99 95
5 E 15 10
6 A 50 44
7 B 20 13
8 C 24 16
9 D 70 61
10 E 14 4
对数据除type列所有数据,按照type分类ID,取均值,结果:
> avereps(dat[,-1],ID=dat$type)
Num1 Num2
A 70.0 66.5
B 27.0 22.5
C 40.0 34.5
D 84.5 78.0
E 14.5 7.0
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