vcftools过滤变异类型
vcftools过滤变异类型
vcf文件中可能会同时是包含snp以及indel两种变异类型，如果想将其分开，可利用vcftools实现。
具体用法如下：
下图为原始vcf文件（raw.vcf），可以看到包含indel以及snp。
过滤掉indel，只保留snp --remove-indels。
执行以下命令：
vcftools --remove-indels --recode --recode-INFO-all --vcf raw.vcf --stdout >raw.snp.vcf
过滤掉snp，只保留indel --keep-only-indels。
执行以下命令：
/vcftools --keep-only-indels --recode --recode-INFO-all --vcf raw.vcf --stdout >raw.indel.vcf
这样，就可以分别得到只包含snp和indel的vcf文件了。
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- 发表于 2019-01-04 14:27
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- 分类：软件工具
