在我们的课程中介绍了TCGA下载miRNA数据的方法,但是下载的数据是miRNA 基因水平的表达量,而不是miRNA的5p 或3p的表达量。那么如何下载miRNA的5p, 3p 表达量呢?
可以参考如下的代码:
# 设置下载的参数 project <- "TCGA-CHOL" data_category <- "Transcriptome Profiling" data_type <- "Isoform Expression Quantification" workflow_type <- "BCGSC miRNA Profiling" legacy <- FALSE # 查询可以下载的数据,有时候查询的API不稳定,需要多试几次 query <- GDCquery(project = project, data.category = data_category, data.type = data_type, legacy = legacy) # 下载数据 GDCdownload(query = query,method='client')
其关键是设置data_type 为“Isoform Expression Quantification”, 这样就是不同isoform 的表达量。
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