limma包提供 alias2Symbol 可以将部分物种基因的别名,通过NCBI EntrezID转换成官方的gene symbol
譬如:以人的 AP2基因为例:
> alias2Symbol(c("AP2"),species = "Hs",expand.symbols = F)
[1] "GTF3A"
支持多alias同时转换。修改数组向量元素即可。
转换过程将依赖对应的org包,需要提前进行安装:
Package | Species | |
org.Ag.eg.db | Anopheles | |
org.Bt.eg.db | Bovine | |
org.Ce.eg.db | Worm | |
org.Cf.eg.db | Canine | |
org.Dm.eg.db | Fly | |
org.Dr.eg.db | Zebrafish | |
org.EcK12.eg.db | E coli strain K12 | |
org.EcSakai.eg.db | E coli strain Sakai | |
org.Gg.eg.db | Chicken | |
org.Hs.eg.db | Human | |
org.Mm.eg.db | Mouse | |
org.Mmu.eg.db | Rhesus | |
org.Pt.eg.db | Chimp | |
org.Rn.eg.db | Rat | |
org.Ss.eg.db | Pig | |
org.Xl.eg.db | Xenopus |
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