使用evolview美化进化树

1.evolview地址及使用

进化树美化，evolview官方地址：https://evolgenius.info//evolview-v2/#login 要求使用以下浏览器打开，不支持IE浏览器和360浏览器：

官方说明文档地址：https://github.com/evolgeniusteam/EvolviewDocumentation

2 进化树美化

Evolview进化树美化的初级使用可参考：https://www.omicsclass.com/article/590,示例进化树：WRKY_domain_confirmed.nwk

2.1 进化树分支添加颜色

可点击以下方箭头处添加分支颜色，可点击下图红框框处查看官方详细配置说明：

然后在配置文件里面输入，需要添加颜色的分组信息，如下：

AT2G04880.1,AT2G30250.1 blue ad
AT4G01250.1,AT4G31550.1 red ad
AT4G39410.1,AT5G49520.1 yellow ad

第一列为，从一个基因到另一个基因之间，表示范围；第二列，为设置颜色，最后一列 ad表示为所有枝设置颜色；列和列之间注意用tab分隔开；

然后提交，就可以得到进化树分支颜色设置后的进化树：

2.2 进化树设置分支label的颜色等

设置标签颜色，详细方法参考：https://www.omicsclass.com/article/631，可点击下图红框框出查看官方详细配置说明：

这是设置的配置文件内容如下，与分支颜色设置相似，也支持单独基因设置颜色（最后一行）；点击红色箭头处，然后将以下内容粘贴上去：官方配置说明

AT4G31550.1,AT4G01250.1 red ad
AT2G30250.1,AT2G04880.1 blue ad
AT1G80840.1 yellow

提交之后的结果：

2.3 进化树设置分支label的背景颜色设置

设置背景颜色可看：https://www.omicsclass.com/article/630

可点击上图图红框框处查看官方详细配置说明；配置文件如下：官方说明

AT4G01720.1,AT1G55600.1 red ad
AT2G40740.1,AT4G23810.1 green ad

设置之后结果：

2.4 进化树添加星号标签

设置星号标签可看：https://www.omicsclass.com/article/664

设置参数如下，第一列为基因的ID,后面为设置形状以及颜色，上图图红框框处查看官方详细配置说明。详细说明见官方文档。

AT4G01250.1 triangle,red:red
AT3G58710.1 triangle,red:red
AT1G29280.1 triangle,red:red
AT2G34830.1 triangle,red:red
AT1G30650.1 triangle,red:red
AT5G52830.1 triangle,red:red
AT4G23550.1 triangle,red:red
AT2G21900.1 triangle,red:red
AT5G45050.1 triangle,red:red
AT2G30590.1 triangle,red:red
AT2G24570.1 triangle,red:red
AT3G04670.1 triangle,red:red
AT2G23320.1 triangle,red:red
AT5G28650.1 triangle,red:red
AT4G24240.1 triangle,red:red
AT4G31550.1 triangle,red:red
AT2G04880.1 star,blue:blue
AT5G56270.1 star,blue:blue
AT4G26440.1 star,blue:blue
AT3G01080.1 star,blue:blue
AT4G12020.1 star,blue:blue
AT2G03340.1 star,blue:blue
AT4G26640.1 star,blue:blue
AT1G13960.1 star,blue:blue
AT2G37260.1 star,blue:blue
AT2G38470.1 star,blue:blue
AT5G07100.1 star,blue:blue
AT2G30250.1 star,blue:blue

结果如下：

2.5 进化树分组圆环

添加分组圆环，设置按钮如下：

设置文件说明，官方详细说明：DatasetGroupLabel.md：

!grouplabelcolor=black,fontsize=14,fontcolor=black,linewidth=2
AT4G01250.1,AT4G31550.1 text=group1,fontcolor=red,linewidth=4
AT4G39410.1,AT5G49520.1 text=group2,linecolor=darkgrey,fontcolor=purple,linestyle=dashed
AT5G01900.1,AT1G66560.1 text=group3,color=darkgreen,textorientation=vertical,linewidth=4,fontsize=16

说明如下，带！号的行为全局变量，也就是默认设置参数；其他第一列用，号隔开表示范围，空格之后为各种group分组圆环的显示方式：text为分组名称，fontcolor为字体颜色，linewidth圆环粗细，textorientation控制分组名称对齐样式。

2.6 进化树批量修改基因名字

有时候我们想批量重命名基因的名字，可参考iTOL使用：https://www.omicsclass.com/article/604，然后导出nwk格式的文件再到evolview中编辑。

2.7 进化树bootstrap值修改参考

可参考：https://www.omicsclass.com/article/625

最后来一个组合图，看看设置的效果，当然我只是教大家如何使用，美观度上还是不足，见谅：