OTU互作网络分析用MENA

MENA，一个可以利用OTU数据进行在线分子生态网络分析的网站，帮你搞定OTU互作网络图。

前言

生物之间相互作用比如竞争、合作、共生等；由于进化生物之间存在某种系统发育关系，这些联系都能描述为生态网络，在生态网络中，每一个元素（生物或基因）可以描述成网络中的一个节点，他们之间的关系能描述成网络中的边。随着高通量测序、基因芯片等技术的发展，研究人员可以得到了空前庞大的数据量，而利用微生物16S测序数据得到的OTU丰度矩阵也可以进行网络分析，探究不同操作单元之间的互作关系。

因此，今天要给大家推荐一个网站：MENA，一个可以利用OTU数据进行在线分子生态网络分析的网站。

准备数据

网络分析的输入数据为OTU丰度矩阵，每一行对应一个OTU,每一列对应OTU在不同样品中的丰度，具体格式如下图

网站登陆注册

网站地址： http://ieg4.rccc.ou.edu/MENA/，（个别情况下，网站可能无法访问，正常等待几天再尝试），网站登陆界面如下，如无账号可以进行注册并登陆，注册只需要邮箱等信息即可。

登陆后界面的主要操作内容为前四部份，涉及上传数据、构建网络、分析网络以及查看此前上传和分析的网络结果。

上传数据

点击主页左侧Upload your dataset选项后，选择对应的文件并且对数据进行命名后提交，提交过程中注意网站对文件的要求，包括文件大小，格式等等（下图）。提交成功后会自动显示上传数据的大致信息，包括样本数量、OTU数量等等。

提交成功后会自动显示上传数据的大致信息，包括样本数量、OTU数量等等。

构建网络

点击左侧Construct the network，跳转到Select Dataset页面，选择需要进行网络分析的数据进行下一步，提交之后进入参数设置页面（如下图），具体涉及了数据过滤，相似性计算算法，RMT(随机矩阵理论）模型计算，等等（理论和应用文章见末尾文献引用），提交后跳转至等待页面。

注意：基于RMT 模型计算的过程耗时可能非常久，可以直接进入主页后进行等待，在几个小时候后再继续后续分析。

从主页Search datasets and networks，查看分析的结果，计算完成后，会显示状态为"Done"，单击对应的结果，进行网络构建。

RMT计算结果，选择合适的相关性阈值构建网络（如下图）。网站会自动计算构建的网络中节点数量，连接数量，平均连通性等网络的基本特征值，并显示。

网络分析

完成网络构建之后，可由主页选择Analyze the networks，进行网络分析，主要分析项目如下图，涉及网络整体特征，模块性分析，网络可视化等等，部分分析还涉及不同的算法和参数的设置，分析结果可以下载进行保存。其中网络可视化，网站可以绘制简单的网络图，也可以将网络结果导出为tif格式，并利用Cytoscape等软件进行设置和处理，同时利用Cytoscape也可进行网络的基本分析。

Show Time

下图利用的OTU数据分析获得的网络，利用了可视化软件为Cytoscape，并结合MENA的模块分析部分的结果。祝大家学习快乐~~

参考文献：

Deng, Y., Jiang, Y. H., Yang, Y., He, Z., Luo, F., & Zhou, J. (2012). Molecular ecological network analyses. Bmc Bioinformatics, 13(1), 113.

沈烽, 黄睿, 曾巾,等. 分子生态网络分析研究进展[J]. 环境科学与技术, 2016(s1):94-98.

OTU互作网络分析用MENA

相关推荐：微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制

更多生物信息课程：

你可能感兴趣的文章

相关问题

1 条评论

作家榜 »