如何批量分析蛋白序列domain-SMART数据库
SMART（http://smart.embl.de/）是我们常用来进行domain搜索和蛋白质注释的数据库，它集成了很多蛋白结构预测和功能分析的工具，比如可以预测蛋白的一些二级结构：跨膜区（Transmembrane segments）、复合螺旋区（coiled coil regions）、信号肽（Signal peptides）、蛋白结构域（PFAM domains）等 。
进入SMART主页，就会看到SMART有两种不同的模式：normal 和genomic，两种模式主要是用的数据库不一样：1. Normal SMART 用的数据库 Swiss-Prot、 SP-TrEMBL 和Stable Ensembl proteomes；2. Genomic SMART 用的是全基因组序列 ，两种模式可以点击下图红色剪头所指normal /genomic进行切换。
下面具体介绍下通过Uniprot/Ensembl ID 或者序列在SMART数据库中单序列/批量序列检索操作方法。
单序列domian搜索
直接通过网站链接进入主页（如下图），输入需要鉴定的序列ID，包括Uniprot/Ensembl ID等（下图1处），或者直接输入序列（下图2处），并进行参数设置（下图3处）。
譬如小编直接利用拟南芥AT1G66550.1蛋白序列提交之后，获得如下图的分析结果。
批量搜索
SMART批量搜索的设置隐藏的有点深，而这是科研工作的我们最需要的！批量搜索可以通过主页帮助（help）的位置进入（见下图），或者直接利用链接：http://smart.embl.de/smart/batch.pl。
选择batch access进入批量分析页面（如下图），可以通过复制粘贴相关ID/序列 或者直接上传对应的文件，之后设置参数提交进行分析即可（参数可以选择仅输出分析结果文本格式）。
譬如小编把拟南芥的一部分蛋白序列提交之后结果如下图，移动滚动条可以对所有分析结果进行浏览。
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- 发表于 2019-01-18 10:38
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- 分类：基因家族分析
