判断GEO芯片数据是双通道还是单通道
基因芯片分双通道芯片和单通道芯片，GEO数据库上的芯片多数是寡聚核苷酸芯片 对应单通道芯片，但是也有部分芯片数据是属于双通道芯片（cDNA芯片），二者分析方法具有差异，进行数据下载之前要对数据进行了解。
1、搜索到感兴趣的GSE数据之后，查看数据总的介绍，和芯片类型，一般通过相关介绍能了解到大致情况，譬如，进入具体的芯片介绍
可以看到明显提示信息
如不确认，可以选择其中GSE下的一个样品（GSM)进行判断：明显的单通道芯片数据，对应其中一个样品的数据，数据信号强度已经经过标准化并进行了对数转换（log2)
2、明显的双通道数据，一般提及cy5 (red 红色 处理样） cy3（green 绿色 对照样）log2Ratio等信息
如上图中就明显提及是cDNA 芯片等，选择一个具体的GSM，可以看到该芯片对应的具体样本信号等信息：明显涉及了两个样本，不同的Channel等信息
获取的标准化数据也是log2Ratio
这类数据和常见的单通道芯片数据的分析方法不同，可以直接基因log2Ratio 进行差异筛选。
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- 发表于 2019-01-18 15:45
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