GeneDoc绘制漂亮的多重序列比对图
由于软件的功能限制，一些比对软件生成的比对文件，如Clustalx的*.aln文件，可读性差，无法满足高质量期刊的要求。因此，在实际操作过程中，需要对一些多重序列比对的文件进行着色美化。
GeneDoc简介
GeneDoc是蛋白质和DNA序列同源比较的辅助软件，它不能对多个序列以某种算法进行自动比较，但是能对其他软件的比较结果进一步处理。如编辑和修改，用亮丽的色彩来区分相互间序列的同源性，并输出各种漂亮的图形格式。
GeneDoc下载地址：https://github.com/karlnicholas/GeneDoc。
gd322700.zip genedoc 软件
GeneDoc使用
1.导入多重序列比对结果
GeneDoc可接收多种格式的比对结果文件，如 . fas .msf .aln等格式。这里以 .fas格式（Clustalw比对后导出的fasta格式）为例，具体操作如下图所示：
导入文件后点击 Done ，导入后的界面如下图所示：
2.美化设置
点击Project → Configure 弹出配置界面，这里可以对氨基酸的大小，每行氨基酸的个数、颜色以及显示模式等进行设置。
Configure界面如下：
点击Project → Edit Sequences List，可以修改氨基酸序列的顺序或者修改序列名称。
3.导出
编辑好序列后，下面就是导出图片了。具体操作为：点击 Edit → Select Blocks for Copy，选择要导出的序列。
然后点一下序列，这样就选中了全部的序列，整个背景会变为黑色。
然后再点击 Edit → Copy Select Blocks to → RTF File，即可导出.rtf文件，使用word即可打开该文件。
或者copy bitmap 都内存，然后到PPT或者word文档中粘贴即可
导出后文件如下：
当然小编审美能力有限，大家可以按照自己的想法修改，多试一试每个功能，一定能绘制出更漂亮图片。
以上操作介绍完了，怎么样？是不是很简单？快来试一下吧！
最后祝您科研愉快！
此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下：
1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程
2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读
3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，提升你的文章档次，学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析
4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘
6. 更多学习内容：linux、perl、R语言画图，更多免费课程请点击以下链接：
- 发表于 2019-03-01 12:00
- 阅读 ( 20814 )
- 分类：软件工具
