LENS:人的基因相互作用分析在线工具

LENS: 关于人的基因互作关系在线分析工具,可以基于提供的基因列表 构建一个与这些基因呈互作关系的蛋白质互作关系网络,并且对相关的疾病、药物通路等进行统计分析。 可以基于网站提供的步骤...

LENS: 关于人的基因互作关系在线分析工具,可以基于提供的基因列表 构建一个与这些基因呈互作关系的蛋白质互作关系网络,并且对相关的疾病、药物通路等进行统计分析。

可以基于网站提供的步骤进行学习:https://hagrid.dbmi.pitt.edu/LENS/index.php/tutorial/root

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LENS is a web-based tool to carry out interactome analysis of human genes. LENS takes one or two lists of genes and determines the network of protein-protein interactions that connects them. LENS computes several statistics including associations of the genes in the interactome to diseases, drugs, pathways, and GWASs, as well as, statistics of network connectivity of these genes compared against connectivity of randomly selected genes. Sources of data for the network generation are direct (biophysical) interactions from HPRD and BioGRID. Genome-wide Association Studies (GWAS) data are obtained from NHGRI's Gwas Catalog. Pathways are obtained from Reactome, drugs from DrugBank, and disease associations from OMIM. The genes and interactions of the extracted network are shown with a visualization and are also connected to Wiki-Pi, where their full annotations may be seen.

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提供一个基因列表(或者再提供一个靶基因列表),点击提交

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等待网络相关统计计算完成:就可以获得分析结果

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获得结果如下:可以选择下载保存(提供的如果是单基因列表,红色为提交的基因列表中的基因)

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网络图下载可保存方式如下:

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  • 发表于 2019-03-01 14:20
  • 阅读 ( 3294 )
  • 分类:软件工具

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Daitoue
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